Зосимова пустынь основана старцем пустынножителем Зосимой (Верховским) в 1826 году среди лесов и болот Верейского уезда Московской губернии. При жизни старца (скончавшегося 24 октября 1833 года) в пустыньке ещё не было ни одного храма. Но старец предсказал расцвет обители и завещал первый храм посвятить Живоначальной Троице, а второй — иконе Божией Матери «Одигитрия», покровительнице его родной Смоленщины. Предсказания Божиего угодника сбылись, и в 1856 году обитель была утверждена в статусе Троице-Одигитриевского общежительского женского монастыря. Однажды отец Зосима приехал в Москву по делам своей обители. Царевич (брат Грузинской царицы Тамары) встретил его в городе и сказал:» Ах, отец Зосима, как мы нетерпеливо ждём Вас! Царевна больна, желает видеть Вас, посетите её!» Как только руки его коснулись царевниной головы, она в ту же минуту пришла в память, узнала старца, обрадовалась ему и просила его помолиться. С той минуты ей стало легче, и она скоро выздоровела. Царевна Тамара спустя некоторое время стала орудием в руках Божиих, послужившим устройству первого храма в Зосимовой пустыне.
4 ноября 1837 г. Указ Св. Синода о разрешении грузинской царевне Тамаре построить домовую церковь в имении Одигитриево Верейского уезда.
В 20-х числах июня 1838 г. Закладка храма на средства, пожертваванные некой госпожой Т., над гробом Зосимы. При жизни старца Зосимы обеспечивать всем необходимым сестёр его общины стали Семён Лонгинович Лепёшкин с супругой Анной Васильевной. После смерти старца это боголюбивое семейство московских купцов не оставило своей попечительской заботы об обители.
В декабре 1838 года Семён Лонгинович Лепёшкин воздвиг каменный храм над могилой старца, и к концу 1838 года — освящение храма во имя Живоначальной Троицы (по завещанию старца Зосимы).
8 декабря 1839 г. Указ Св. Синода о дозволении оставить церковь, построенную на имя грузинской царевны Тамары, существующей навсегда.
1851-1855 гг. Расширение Троицкого храма двумя приделами на средства М.И. Головиной, С.Л. Лепёшкина и др. Южный придел посвятили святым покровителям основателя и устроителя обители старца Зосимы и Семёна Лонгиновича — преподобному Зосиме Соловецкому и священномученику Симеону Персидскому. На средства Марии Ивановны Головиной (вдова,титулярная советница) пристроен левый придел Троицкого храма во имя св. Марии Египетской. Алтарь первой Троицкой церкви, построенной в 1838 году, по благословению митрополита Филарета был сооружён «над могилой старца Зосимы». Он стал центральным при расширении храма в 1851-1855 годах, а место захоронения преподобного Зосимы осталось на прежнем месте после перестройки «между центральным и правым алтарями». При расширении храма святой колодезь, сооружённый на месте келии преподобного Зосимы, подошёл под церковную стену, пришлось сломать часовню, но колодезь остался навсегда. «Над ним были сделаны под стеною арки из белого камня и вход к нему извне церкви, по каменным уступам. Над входом крытое, приличное церковному зданию крыльцо с дверьми. И как самая обитель, возникшая из дикого пустынного болота, так и сей колодезь под церковью и самый гроб старцев в церкви остались вечными памятниками назидательной по своему благочестию жизни о. Зосимы …»
1 октября 1855 г. Освящение обновлённого Троицкого храма митрополитом Московским Филаретом. После того как весной 1929 года монастырские сёстры были изгнаны из стен обители, богослужения в Троицком храме продолжались ещё в течение нескольких лет.
1929-1932 гг. Троицкий храм Зосимовой пустыни в качестве приходского храма.
1933 г. Переоборудование Троицкого храма под клуб.
1925-1968 гг. На территории монастыря — инвалидный дом.
1941 г. Оборудование госпиталя на территории бывшего монастыря.
1968-1998 гг. На территории монастыря — летний пионерлагерь Московского метрополитена.
7 декабря 1996 г. Первый после 65-летнего перерыва молебен в бывшем Троицком храме, посвящённый 170-летию обители.
6 ноября 1998 г. Молебен в бывшем Троицком храме в день памяти старца Зосимы и лития по старцу и насельницам обители.
1998-2000 гг. Официальная переписка по поводу передачи комплекса зданий монастыря Зосимовой пустыни в ведение Русской Православной церкви.
Из книги «Женская Зосимова пустынь. Исторический очерк». Сост. монахиня Зосима (Верховская). Паломник, Москва, 2008.