Основан в 1598 году как мужская обитель на так называемой Красной гриве, небольшой возвышенности, которая защищает монастырь от весенних разливов реки Клязьмы, поэтому монастырь называется Красногривский. Никогда не входил в городскую черту Гороховца. При его упоминании в документах 1725 года о его местонахождении сказано, деревня Знаменка близ Гороховца.
Все постройки вначале были деревянными и срублены на средства Петра Лопухина на Гороховской тяглых людей земле. В 1670 году построена каменная церковь Знамения Богородицы. В 1723 году указом Петра I монастырь ввиду малобратственности был приписан к Флорищевой пустыни и с тех пор выполнял роль её подворья. После 1733 года к церкви Знамения Богородицы была пристроена колокольня и тёплая церковь апостола и евангелиста Иоанна Богослова. В XVIII веке была возведена каменная ограда, окружавшая монастырь со всех сторон. По углам ограды располагались башни.
В мае 1923 года подворье было ликвидировано, имущество конфисковано, здания переданы в ведомство Губмузея, который сдавал их в аренду частным лицам и организациям. Наибольшие разрушения в Знаменском монастыре были произведены в 1960-е годы. Была снесена ограда. 24 июня 1994 года монастырские здания возвращены церкви. 24 июня 1994 года епископ Владимирский и Суздальский Евлогий Смирнов передал Знаменский монастырь Троице-Никольскому мужскому монастырю в качестве скита.
13 июня 1995 года в скиту были начаты ремонтно-восстановительные работы, 6 октября 1995 года состоялось освящение престола малого храма в честь апостола и евангелиста Иоанна Богослова.
28 мая 1999 года указом архиепископа Владимирского и Суздальского Евлогия Знаменский скит Троице-Никольского мужского монастыря был преобразован в Знаменский женский епархиальный монастырь и вновь обрёл самостоятельность.
7 марта 2000 года по определению Священного синода Русской православной церкви настоятельницей Знаменского женского монастыря была утверждена монахиня Раиса Шибеко, в 2006 году за усердное служение Церкви матушка Раиса была возведена в сан игумении.
В настоящее время регулярно совершаются богослужения, служащим священником является иерей Феодор Закиров. В обители силами насельниц ведётся монастырское хозяйство, построен скотный двор, телятник, ведутся сельскохозяйственные работы, по мере возможности оказывается благотворительная помощь нуждающимся.
