Как и первая церковь, построенная в Зее в 90-х годах XIX века, современный зейский храм освящен в честь Святителя Николая Чудотворца.
Старая церковь находилась на западной стороне городского парка, в 1928 году во время наводнения она была смыта водой в реку Зею. После этого происшествия православные жители города были лишены храма. Сохранилась фамилия последнего священника, служившего в Свято-Никольском храме — Лебединский.
В 1992 году приход был зарегистрирован в органах юстиции. Началось строительство храма. 15 декабря 1996 года, он был освящен.
Источник: информационно-аналитический портал «Православие на Дальнем Востоке»
