Николо-Пупышевская церковь впервые упоминается с 1625 года. Каменным храм выстроен в 1690-1700-х годах. В 1731-1735 гг. вместо прежней церкви была выстроена новая Никольская церковь. Позже, спустя более столетия, в 1845-1858 гг. храм перестроили. В это время были возведены новые приделы, трапезная и колокольня. Здесь стояла пятиглавая церковь Николы Угодника церковь, четверик сильно вытянут вверх. Главный престол был устроен во имя Смоленской Богоматери. Трапезная имела теплые приделы: Никольский справа и иконы «Утоли моя печали» слевой стороны. Николаевская церковь закрыта и частично разобрана в тридцатых годах прошлого века. Окончательно храм снесен в конце 1950-х годов. Если бы церковь уцелела, то находилась на месте двора дома на Космодамианской набережной, 40/42.
