Известно, что на этом месте находился деревянный храм (упоминается в 1625 г.), нынешний же построен в 1675 году как придельный к соседней церкви Иоанна Предтечи, и до 1920-х годов оставался приписным к ней. Теперь, напротив, церковь Иоанна Предтечи числится приписной к этому храму. Оба имеют статус Патриаршего подворья.
Храм освящен в честь князя Михаила Черниговского и его ближнего боярина Феодора, умерщвленных в 1246 году в ставке Батыя за отказ пройти языческий обряд. В документах XVII века храм значился в честь Сретения Михаила; это дает основания предполагать, что именно тут в 1578 году были встречены мощи св. князя Михаила, перенесенные в Москву по желанию царя Иоанна IV Грозного. Позднее мощи были перенесены в Архангельский собор Московского Кремля.
В 1740 году к храму был пристроен южный придел св. Екатерины, разобранный в 1830 году. К XIX веку была утрачена шатровая колокольня, а основной четверик подведен под четырехскатную крышу.
Был закрыт в 1924 году и передан баптистам, позже использовался как склад.
В 1977 году вместе с соседним храмом Иоанна Предтечи церковь стали реставрировать. К 1982 году были восстановлены главы, крытые зеленой глазурованной черепицей, четырехскатное покрытие четверика расшито с восстановлением ярусов кокошников.
Возвращен верующим в 1991 году, освящен 3 октября 1993 года, в день памяти Михаила и Феодора Черниговских.
Михаила, благоверного князя, и боярина Феодора, Черниговских чудотворцев церковь
По преданию, на этом месте 14 февраля 1578 г. москвичи встретили святые мощи мучеников князя Михаила и боярина его Феодора, перенесенные из Чернигова в Москву. До конца XVII века храм именовался в честь Сретения святых мощей Черниговских чудотворцев, с престольным праздником, приходившимся на 14 февраля. Деревянный храм на этом месте известен с 1625 г.
Каменный храм освятили 25 октября 1675 г. Сохранился его двусветный четверик, перекрытый сомкнутым сводом, который венчает два яруса кокошников и глухое пятиглавие. Окна обрамлены пышными наличниками, вход – торжественным порталом. Не сохранилась примыкавшая с запада к трапезной шатровая колокольня, разобранная в середине XIX века. В 1695 г. храм перестраивался на средства купчихи И.И. Малютиной. В 1740 г. был проведен ремонт храмов Черниговских чудотворцев и стоявшего рядом Усекновения главы Иоанна Предтечи, после чего в облике обоих зданий появились элементы стиля барокко. Тогда же к трапезной пристроили придел во имя великомученицы Екатерины, разобранный в 1830 г. В 1812 г. храм сильно пострадал и около двадцати лет стоял упраздненным. В начале 1830-х годов его отремонтировали, были устроены новые иконостасы в стиле ампир.
В 1924 г. церковь была передана баптистам, а в 1934 г. окончательно закрыта. После этого в Третьяковскую галерею поступила находившаяся в храме икона «Троица ветхозаветная», написанная в 1675 г. мастерами Оружейной палаты. Внутреннее убранство было уничтожено, но сохранилось небольшое количество фрагментов настенной живописи XVIII века. В 1970-х гг. в ходе реставрационных работ было раскрыто первоначальное завершение храма кокошниками. Церковь вновь освятили 3 октября 1993 г.
Михаил Вострышев. Москва православная. Все храмы и часовни.
http://iknigi.net/avtor-mihail-vostryshev/107075-moskva-pravoslavnaya-vse-hramy-i-chasovni-mihail-vostryshev/read/page-25.html
