Нижний участок кремля находится на очень ненадёжном в гидрогеологическом плане месте. Здесь имеются выходы подземных вод, постоянно происходили оползни, которые заполнили наносным грунтом древние овраги и промоины. Так, в районе Зачатской башни мощность наносных слоёв достигает 11—13 м. Это всё и стало предопределяющим фактором для неминуемых здесь разрушений.
Первый известный крупный ремонт в кремле производил присланный из Москвы Первуша Данилов в 1620 году, то есть через сто лет после постройки кремля. Им было пристроено к пряслам и башням подгорной части множество контрфорсов. Но уже Писцовая книга за 1621—1622 года сообщает о плохом состоянии стены, через которую проходят люди. Там же и в других документах говорится о Зачатской башне как о двухъярусной, то есть одной высоты со стенами. Хотя, возможно, это просто зафиксировано состояние на то время разрушающейся и частично перестроенной башни. Но всё же первоначальный облик башни не известен. В 1646 году воевода Д. Лодыгин и дьяк Г. Патрикеев пишут о разрушениях обеих башен участка и стен, через которые ходят люди. В смете нижегородского посадского Семёна Задорина 1650—1651 годов говорится, что быки, то есть контрфорсы, осыпались, а сама башня осела до них и отошла под гору от обеих стен. Предложенный им план по гидротехническим работам и перестройке стены с использованием дубовых свай не был осуществлён.
В XVIII веке разрушение и сползание продолжились. По описи 1765 года у башни обрушились два свода проезда, и ворота были заложены снаружи кирпичом, а внутри — брёвнами. После частичной разборки Зачатской и Борисоглебской башен в 1785—1787 годах, губернатор Ребиндер в 1787—1790 годах проводит ремонт подгорного участка кремля. В 1833 году была возведена тонкая кирпичная стена, а на месте башни сход к Живоносному источнику, с караулками по бокам и окнами, имитирующими бойницы. В XIX веке началось новое разрушение подгорной части. В 1965 году под руководством известного архитектора и реставратора С.Л. Агафонова началось исследование башни. Её остатки были расчищены. Изнутри, в культурном слое, был вырыт значительный котлован, а затем всё это было брошено разрушаться на долгие годы. После этого, около 1980 года, происходила ещё расчистка. Это позволило архитектору И.С. Агафоновой сделать варианты графических реконструкций башни.
В 2000-е годы власти начали усиленно пропагандировать в СМИ идею о необходимости замкнуть кремлёвское кольцо. Это при том, что к этому времени в городе была ликвидирована Горьковская специальная научно-реставрационная мастерская. Мнения горожан разделились, менее информированные высказывались за проект, другие призывали не спешить.
К этому времени существовало два варианта реконструкции башни, с воротами на переднем фасаде и с воротами в западной боковой стене. Хотя в башнях Нижегородского кремля нет других примеров применения схемы с боковыми воротами, здесь имелись намёки именно на неё. Зачатская башня имела самые широкие в кремле внутренние ворота, которые, к тому же, были скошены к западу. Такие особенности облегчали бы разворот гужевому транспорту в Г-образном проезде. Кроме того, башня контролировала довольно уязвимый самый низкий участок кремля, при этом не имея ни рва, ни предмостного укрепления. Но выбрали вариант с прямым проездом как более привлекательный внешне. Были также разные варианты оформления павильона, который должен прикрывать часть руин. Вариант воссоздания средневекового строения с использованием аутентичных материалов даже не рассматривался. Строители не ограничились противооползневыми мероприятиями и, соответственно, мощным железобетонным фундаментом. Объект был построен с использованием современных строительных приёмов, а все элементы фортификационного сооружения являются лишь имитацией. В итоге создан защитный футляр над древними руинами, музей получил дополнительные площади помещений, перекрыт периметр кремля. Таким образом, можно утверждать, что реконструированная башня является всего лишь современным музейным помещением, внешне копирующим облик настоящей Зачатьевской башни.
