Геннадий Юдин родился в селе Екатерининского казённого винокуренного завода Логиновской волости Тарского округа, где работал его отец. Отец Василий Сергеевич Юдин служил на Екатерининском заводе в разных должностях с 1827 года по 1840 год, позже записался в купцы III гильдии. После рождения сына семья переехала в 1847 году в губернский город Тобольск. В 1856 году окончил Тобольскую гимназию. С 12 лет трудился в государственной системе питейных сборов в городе Минусинске.
Активно занимался самообразованием: изучал немецкий и французский языки, выписывал периодику, собирал книги, вёл обширную переписку с родственниками, друзьями и сослуживцами. Ведя переписку, приучил себя составлять копии всех писем, которые потом переплетал в отдельные книжки. Так были заложены основы будущего уникального юдинского архива. Бывая по делам службы в Красноярске, почти каждый день посещал Драматический театр в Красноярске.
В 1863 году открыл собственное коммерческое дело. Первоначальный капитал составил 600 рублей. Сначала он записался во временные купцы Ачинска, потом во II гильдию Минусинска, завёл оптовый склад в селе Балахты и начал винную торговлю. Торговал ромом, ликёрами, коньяком, лимонной, померанцевой, полынной, анисовой и другими сортами водок.
В 1866 году женился на семнадцатилетней Евгении Михайловне Нигрицкой, мещанской дочери из города Томска, внучке священника, уроженке села Караульно-Остроженское Новосёловской волости Ачинского уезда.
Два раза выиграл в лотерею, сначала 200000 рублей, потом ещё 75000 рублей. На выигрыш в конце 1870 года построил недалеко от Балахты Леонидовский винокуренный завод, названный в честь сына; затем были приобретены золотые прииски в Ачинском, Минусинском, и Енисейском округах. Вместе с К. С. Курицыным основывал Осиновскую золотопромышленную компанию.
В 1873—1874 годах жил в Петербурге. В 1873 году посещал Всемирную выставку в Вене.
В ноябре 1881 года завершил строительство своего винокуренного завода.
В 1889 году посетил выставку в Париже.
Пережил смерть сыновей: 2 марта 1896 года умер 16-летний Михаил, 24 апреля 1899 года в Киеве — 27-летний Василий.
Умер 17 марта 1912 года в Красноярске, похоронен на Троицком кладбище.
