12 января 1865 года был открыт Музей при Обществе для естественно-исторического исследования Ярославской губернии, основателем которого стал профессор естественной истории Андрей Станиславович Петровский. В 1901 году Общество было переименовано в естественно-историческое, вслед за чем в музее была сформирована обширная энтомологическая коллекция. В начале XX века естественно-исторический музей считался одним из крупнейших провинциальных музеев России. В 1895 году при Ярославской губернской учёной архивной комиссии было создано Древлехранилище, исторический музей для изучения и охраны всего культурно-исторического наследия Ярославского края. Коллекция музея, насчитывавшая в 1895 году 100 экспонатов, в 1914 году увеличилась до 12 тысяч предметов. В 1924 году произошло слияние музеев города в единый Ярославский государственный областной музей. В его состав вошли историко-археологический музей, бывшее Древлехранилище, музей древнерусского искусства, художественная галерея, открыта 5 декабря 1919 года, научная библиотека и естественно-исторический музей. В 1928 году музей был подчинён Губернскому музейному управлению. В 1929 году он стал называться окружным, а в 1937 году, областным краеведческим музеем. В 1930-х годах в работе музея были три основных направления, изучение исторического прошлого, социалистическое строительство, природа и естественно-производительные силы края. Кроме основных, были созданы историко-революционный, антирелигиозный и политехнический отделы. В 1938 году в Ярославском музее Институт музейно-краеведческой работы организовал показательный отдел социалистического строительства, на примере которого строились экспозиции в других музеях страны. Сотрудники изучали промышленные предприятия, историю рабочего движения, быт деревни, производительные силы региона, вели экспедиционную работу. С 1934 года при музее стали создавать кружки для учащихся. Сотрудники музея проводили лекции на предприятиях, в клубах и колхозах, в 1940-х годах выступали на радио. Работники музея пытались открыть новые музеи, антирелигиозный в Церкви Ильи Пророка, литературный в церкви Спаса на Городу, архитектурный в церкви Николы Надеина. В 1959 году по постановлению Совета министров РСФСР на базе Ярославского областного и Ростовского краеведческого музеев, областного художественного музея, музея-усадьбы Некрасова в Карабихе был организован Ярославо-Ростовский историко-архитектурный и художественный музей-заповедник, разместившийся на территории бывшего Спасского монастыря. Кроме монастыря, в состав заповедника вошли архитектурные памятники, храмы Ильи Пророка, Иоанна Предтечи, Николы Надеина, Иоанна Златоуста, позднее Рождества Христова и Богоявления. С 1971 года, после обратного выделения в самостоятельные музеи Ростовского филиала и художественного отдела, музей стал именоваться Ярославским историко-архитектурным музеем-заповедником.
