За последние полвека Ярославский художественный музей стал авторитетным научно-исследовательским центром. В главном здании музея работают основные экспозиции, Русское искусство XVIII — начала XX веков и Искусство XX века, к дому примыкает парк, в котором создана экспозиция, Губернаторский сад. Скульптура в пленэре. В здании Митрополичьих палат открыта экспозиция, Древнерусское искусство XIII—XIX веков. В 2014 году в здании на Советской площади, открыт Музей зарубежного искусства с экспозициями Западноевропейское искусство XVI — начала XX вв. и Искусство Востока. В селе Рыбницы создан филиал ЯХМ, Дом-музей скульптора-академика А.М. Опекушина с экспозицией, Лепных дел мастера. В городе Тутаеве, филиал ЯХМ музей Домъ на Новинской с экспозициями, Провинциальный банк и Квартира управляющего банком. В 1986 году Ярославский художественный музей приобрёл коллекцию живописи, графики, медалей, монет, посуды, собранную петербургским коллекционером В.В. Ашиком. Передача коллекции, состоящей из двадцати двух тысяч предметов, продолжалась с 1986 по 2000 год. С 1996 года в музее проводятся научные чтения по проблемам изучения древнерусского искусства. Конференция посвящена памяти известного исследователя ярославской иконописи Ирины Петровны Болотцевой. Музей выпускает ежегодное научное издание, Сборник научных чтений. Научно-исследовательская работа музея отражается в обширной издательской деятельности музея. Все выставочные проекты обязательно сопровождаются изданием каталога. Музей активно занимается подготовкой и издание каталога собрания. Сегодня выпущены каталоги музейного собрания иконописи и собрания графики, ведётся работа над созданием каталога живописи. Ярославский художественный музей, инициатор сохранения древних памятников в музейном собрании путем создания их копий для действующих церквей. Являясь хранителем древних памятников, Ярославский художественный музей выступает за развитие современного иконописания. Новые храмы нуждаются в иконах, выполненных современными художниками на основе старой традиции. Копирование икон музейного собрания, оптимальный путь возрождения иконописания и сохранения государственного музейного фонда. В 2010 году, к 1000-летию Ярославля музей подготовил подарок, иконы, которые являются копиями икон ярославского Успенского собора XVII века, разрушенного в 1937 году. Оригиналы хранятся в собрании Ярославского художественного музея. По инициативе ЯХМ работа по созданию копий икон Успенского собора велась с 2007 года. Для вновь построенного Успенского собора созданы копии с 4 икон, домонгольской иконы, Спас Вседержитель 1-й четверти XIII в., иконы, Богоматерь Ярославская XVI в., а также величественных икон-рам к иконам, Богоматерь Ярославская и Богоматерь Толгская. Копии были выполнены в рамках реализации федеральной целевой программы, Культура России по Государственным контрактам в 2007—2009 годах. Копии икон поставлены в иконостас нового Успенского собора, органично вписавшись в убранство интерьера храма. В 2013 году музей выделил на создание копии, Рамы от иконы Богоматери Казанской с 20 клеймами, 300 000 рублей, полученную в качестве премии на Международном фестивале музеев, Интермузей-2013 за победу в номинации, Редкий гость. В ноябре 2013 состоялась торжественная церемония передачи копии иконы конца XVII века, Рама от иконы Богоматери Казанской с 20 клеймами Казанскому женскому монастырю. В ноябре 2014 музей передал для рамы в Казанский женский монастырь копию иконы начала XVII века, Богоматерь Казанская. Ярославский художественный музей одним из первых в России начал проводить музыкальные салоны в экспозиции. Именно здесь камерный ансамбль, Барокко впервые исполнил неизвестные ранее произведения из Ярославского сборника XVIII века. Барокко, полноправный участник музейной жизни, исполняет музыку всех направлений и стилей, от барокко до авангарда, работает на выставочных проектах, создаёт специальные детские программы. Живая музыка сопровождает и новогодние представления для детей, и музейные праздники, балы, салоны, свадебные приемы, торжественные презентации, туристические программы. Активная профессиональная деятельность музея проявляется в научно-исследовательской работе, в создании новых программ для разных категорий зрителей, в участии в международной акции, Ночь музеев и Международном фестивале, Интермузей. Труды сотрудников неоднократно отмечались наградами, грантами Президента России, грантами Благотворительных фондов, Губернатора Ярославской области. Многие сотрудники Ярославского художественного музея стали Лауреатами областной премии им И.А. Тихомирова, За достижения в области культуры. В 1997 году Ярославский художественный музей стал победителем организованного газетой, Культура конкурса, Окно в Россию. В 2000 году Ярославский художественный музей получил грант Института, Открытое общество в результате победы в конкурсе, Возрождение через культуру на создание экспозиций в филиале музея, Дом на Новинской, Провинциальный банк и Квартира управляющего банком. В 2003 году на фестивале, Интермузей Ярославский художественный музей получил в дар от ЗАО Раритет, оборудование для открытых фондов живописи. В 2007 году проект Ярославского художественного музея, Русские художники в Китае стал лауреатом конкурсной программы фестиваля, Интермузей-2007. В 2010 году Ярославский художественный музей получил Грант Президента Российской Федерации на осуществление проекта по подготовке и созданию экспозиции, Искусство XX века. В 2013 году проект Ярославского художественного музея, Дом в разрезе стал лауреатом X грантового конкурса Благотворительного фонда В. Потанина в номинации, Музей и новые образовательные программы, и был признан одним из лучших реализованных проектов 2013 года. В 2013 году проект Ярославского художественного музея, Семинаристы в музее, представленный в номинации, Редкий гость, на Международном фестивале, Интермузей-2013, стал победителем конкурсной программы, а также отмечен специальным призом ИКОМ России. В 2015 году Ярославский художественный музей, единственный российский номинант престижного международного конкурса, Европейский музей 2016 года.
