Первую каменную церковь обители во имя Афанасия и Кирилла возвели по благословению ростовского митрополита Ионы Сысоевича в 1664 году. По окончании строительства храм был украшен росписями, над которыми работали мастера, вызванные из Москвы. В пожаре 1670 года обитель вновь пострадала. В 1676 году к северному фасаду соборной церкви пристроили теплый храм с колокольней, посвятили его Алексию, митрополиту Московскому.
Территория монастыря была небольшой и обнесена невысокой каменной стеной только с восточной и северо-восточной стороны, с других сторон ограду монастыря заменяли «надворные строения обывательских домов и церковь Спасо-Пробоинская». По парадному восточному фасаду обители, выходившему на Пробойную улицу, еще в XVIII веке соорудили две небольшие каменные башни, одна из которых служила Святыми воротами, в другой была устроена часовня в память о важном событии — обретении чудотворной иконы Спаса Нерукотворного.
25 июня 1768 года в центральной части Ярославля снова случился пожар, после которого был составлен перечень причиненного ущерба. От огня пострадали оба храма игуменские и братские кельи, кухня, конюшня, каретник, баня, погреба, ограда. «Всего во оном Афанасьевском монастыре погорело и разломано на 1000 руб.» сообщается в данном перечне. Во время восстановительных работ после пожара 1768 года была поновлена живопись церкви св. святителей Афанасия и Кирилла, ее первоначальный каменный иконостас заменен деревянным.
В 1820-1830-х годах в монастыре велись значительные работы по его благоустройству: «в связи с северной стеной» были сооружены каменные двухэтажные настоятельские покои с прилегающей к ним трапезной палатой; «в связи с восточной оградой» — две братские кельи; около 1825 года для церкви Афанасия и Кирилла выполнили новый иконостас; в 1831 — теплый храм был «распространен и по местам украшен живописью», росписи в нем исполнил живописец Тимофей Медведев. Тогда же монастырю передали 115-пудовый колокол из упраздненного Борисоглебского прихода, всего ансамбль колокольни состоял из семи колоколов.
В послереволюционные годы при Афанасьевском монастыре была зарегистрирована приходская община, последний раз она упоминается в 1923 году, в феврале 1925 монастырь закрыли, часть «ветхого культового имущества» передали в церковь Спаса на Городу и ряд других храмов. В 1930-х годах городские власти разобрали монастырскую колокольню, в храмах и кельях братии были устроены различные предприятия, в частности, там находилась администрация мебельной фабрики, в братских корпусах поселились люди.
В 2006 году по благословению Высокопреосвященнейшего Кирилла, архиепископа Ярославского и Ростовского, храм святителей Кирилла и Афанасия стал семинарской церковью. К семинарии был приписан и Спасо-Пробоинский храм.
http://мужской-кирилло-афанасиевский-монастырь.рф/istorija/
Первый каменный храм Кирилла и Афанасия был возведен на монастырской территории в 1664 году. Расписывали его московские мастера. Спустя 12 лет с севера к этой церкви пристроили теплый храм, освященный в честь митрополита Московского Алексия. Соборная монастырская церковь в архитектурном плане – не типичное для Ярославских земель культовое здание. Это бесстолпный храм, перекрытый так называемым коробовым сводом, и имеющий одну главу и глухой барабан. За долгую историю его неоднократно перестаивали и видоизменяли. Так в XVIII веке к церкви пристроили несколько приделов и галерей, а в 30-е годы XIX века изменили форму ее окон.
Второй старинный храм на монастырской территории – церковь Спаса Нерукотворного, которую чаще называют Спасо-Пробоинской. Двухэтажное здание с трапезной возвели на рубеже XVII и XVIII веков.
