Основателем городской тюрьмы считается ярославский генерал-губернатор Алексей Мельгунов, который в 1782 г. обратился в Ярославскую казённую палату с предложением о постройке тюрем в Ярославле и ряде уездных городов Ярославской губернии.
В 1800 г. по указу императора Александра I началось строительство первых корпусов тюремного замка. Изначально тюрьма была пересыльным пунктом для арестантов, этапируемых в Сибирь. Ярославский этап был частью этапных тюрем в России. В качестве пересыльного пункта коровницкая тюрьма просуществовала до 1830 года, после чего была преобразована в арестантскую роту.
В начале 1860-х гг. в здании исправительного арестантского отделения был устроен домовый Скорбященский храм с Сергиевским приделом, затем при тюрьме появились два лазарета и две библиотеки. В 1870 году было создано Ярославское исправительно-арестантское отделение, располагавшее двумя «помещениями» — Главным в Коровниках и Дополнительным на Угличской улице. Отделение было рассчитано на 340 арестантов. Арестанты работали в тюремных мастерских: ткацкой, портновской, столярной и др., а также на внешних работах: убирали городские улицы, вывозили нечистоты и т. д. Существовал здесь и попечительский комитет, состоявший из губернского тюремного инспектора, являвшегося председателем комитета, четырёх членов комитета и делопроизводителя. Попечителями этого отделения были купец Гороховников и предприниматель Вахрамеев. Цель комитета состояла в «наблюдении за исправным содержанием арестантов и их нравственным исправлением». Условия содержания и уровень организации работ были выше в Дополнительном отделении, наиболее хороших работников даже переводили из Коровников на Угличскую улицу.
В 1901-1904 гг. при тюрьме была выстроена отдельная кирпичная церковь в псевдорусском стиле. В 1910 году главное помещение было преобразовано в Ярославскую Временно-каторжную тюрьму «Коровники», а Дополнительное помещение осталось исправительно-арестантским отделением. Кроме ссыльнокаторжных в тюрьме в Коровниках содержались арестанты других категорий: следственные, приговорённые к заключению в крепости или в исправительно-арестантском отделении.
После революции Коровники стали тюрьмой, в котором в основном содержались участники крестьянских восстаний против Советской власти, а также представители духовенства, буржуазии и интеллигенции. Один из корпусов тюрьмы использовался как изолятор для политзаключенных. Тюремный храм в 1920 г. был закрыт и перестроен.
С 1964 года официальное название тюрьмы — СИЗО № 1 Ярославской области «Коровники» ИЗ-76/1 150001.
В нач. 1990-х в постройках арестантского отделения вновь появляется домовый храм, освященный в честь преп. Сергия Радонежского, а в сер. 2000-х начато восстановление отдельного здания бывш. Скорбященского храма, разоренного после революции.
Источники: Коняев А. Е. Ярославское исправительное арестантское отделение в начале XX века // Ярославский педагогический вестник, № 3 (2008).