Первое упоминание о деревянной церкви Николая Чудотворца восходит к XVI веку. «По свидетельству летописи, 9 июля 1536 года «во граде Ярославле загореся церковь Николая Чудотворца и оттого сгорел весь град». После пожара построена была на том же месте новая, деревянная же, церковь, посвящённая Благовещению Пресвятой Богородицы».
Каменная церковь Николая Чудотворца строилась с 5 июня 1620 по 31 августа 1621 года. Её жертвователем являлся богатый ярославский купец Епифаний Светешников, имевший, как зачастую было принято на Руси того времени, второе имя — Надея. Надея Светешников, пожалованный в 1613 году в чин гостя за помощь в ликвидации Смуты и воцарении династии Романовых, стал торговым агентом царя Михаила Фёдоровича по закупке товаров для его обихода. С.В. Бахрушин дал следующую характеристику деятельности знаменитого ярославца: «Размах его торговых предприятий поражает и разнообразием, и широтой. На Волге он эксплуатирует усолье под Самарой и снабжает солью русские города до самого Пскова. Из Архангельска он вывозит немецкие товары, из Сибири — пушнину. Его приказчики и люди ездят на Архангельскую ярмарку, в Пермь, снаряжают ватаги покрученников на самые отдалённые реки Восточной Сибири. В крайних углах государства мы всюду находим признаки его торговой деятельности: в Тобольске у него лавка, в которой сидит его приказчик; на Маковском волоку — амбар; в Олонце он строит церковь; в Нижнем Новгороде у него приказчик».
Тёплая деревянная церковь прихода во имя Рождества Иоанна Предтечи с приделом Макария Унженского упоминается во вкладной надписи на колоколе 1622 года. Дата сооружения каменного храма неизвестна, но народная память сохранила имя её устроителя — торгового человека Никифора Петровича Холщевникова. Храмоздатель был погребён в подклете тёплой церкви, под приделом Макария Унженского. Надпись на каменной, «вросшей в землю», надгробной плите гласила: «Лета 7187 (1679) года месяца июня в 3 день, на память святых мученик Лукиллиана, Клавдия и… преставися раб Божий Никифор сын… Холщевников».
Тёплая церковь первоначально имела «две остроконечные главы», но при капитальном обновлении храма прихожанином Н. Понамарёвым в 1836 году их сменили «овальным куполом», а вход в церковь перестроен в классическом стиле и украшен колоннами. Храм был расписан клеймами скорее всего в это же время. Иконостас был резной двухъярусный золочёный. В эту церковь на зимнее время в специально устроенные киоты за клиросами ставились чтимые иконы Николая Чудотворца и Иоанна Предтечи.
На колокольне Николо-Надеинского прихода висели древние колокола. Самый большой из них, благовестник, был отлит в Голландии и весил около 100 пудов; надпись на нём сообщала: «лета 7130 (1622) поставил сей колокол в богоспасаемом граде Ярославле на волгском берегу в дом Пречистой Богородицы честного и славного её Благовещения и св. пророка и предтечи и крестителя Господня и во имя чудотворца Николы и преподобных отец наших: Михаила Малеина, Макария, Желтоводского чудотворца, при благоверном государе царевиче и великом князе Михаиле Фёдоровиче, государе, всея Руси самодержце, и при великом господине Филарете, Патриархе Московском и всея Руси, митрополите Варлааме Ростовском и Ярославском, государев гость Епифаний Ондреев сын Светешников, прозвище Надеина, по своей душе и по своих родителях».
Главный престол каменной церкви был освящён во имя Николая Чудотворца, а не Благовещения Богоматери, как в предшествующем деревянном храме. Отступление от традиции, по местному преданию, произошло вследствие предзнаменованя: «когда время настало строить каменную церковь, неизвестно откуда принеслась сюда по волнам речным икона Николая Чудотворца: её обрели на Волге, против существовавшего ещё тогда деревянного храма, и из воды внесли в храм. Начали совершаться многие чудеса от образа Святителя, и народ во множестве стекался на поклонение целебной иконе. Это дало понять, что Господь чудным образом явил того, имени которого должна посвятиться новая церковь». Такое посвящение наглядно показывает меру распространённости культа Николая Чудотворца в средневековом Ярославле, достигшем процветания благодаря развитию торговли и ремёсел: святителя горожане традиционно почитали помощником в достижении немалых торговых успехов.
Церковь была четырёхпрестольной. Первым из её трёх приделов в 1621 году освятили Благовещенский, устроенный в память о прежнем деревянном храме, он стал домовой церковью семьи Светешниковых. В его подклете в 1646 году был похоронен Епифаний Андреевич. 23 июня 1622 года митрополит Варлаам освятил главный престол храма во имя Николая Чудотворца. В этом же году царь Михаил Фёдорович пожертвовал в храм ризы и воздухи, «шитые золотом и серебром и низанные жемчугом, с разными священными изображениями». Этот дар являлся не только материальным воплощением дружеского расположения царя к Надее Светешникову, но и был, возможно, сделан им в воспоминание о первых днях после принятия решения венчаться на царство. Михаил Фёдорович во время пребывания в Ярославле в 1612 году служил молебен иконе Николая чудотворца, «испрашивая тёплою молитвою угодника Божия, да укрепит его править народом, изнеможенным смутами и раздором».
В 1870 году по благословению архиепископа Нила и стараниями церковного старосты Егора Дмитриевича Кузнецова с юго-западной стороны Николо-Надеинского храма, в углу церковной ограды, началось сооружение часовни для «весьма уважаемого ярославцами» стенописного образа Толгской Богоматери. Икона ранее помещалась над воротами Семёновской башни (до разборки в 1823 году башня находилась на Семёновской, ныне Красной площади) — на стороне, обращённой к Успенскому собору, она была создана скорее всего одновременно с постройкой башни в XVII веке. Часовня была освящена 25 октября 1870 года. Образ поместили внутри её, на восточной стене, и «заключили» в дубовую раму с резными ангелами. Ниже находились изображения ярославских святых князей, тоже «искусно изсечёны» из стены Семёновской башни и украшенные дубовыми рамами: Фёдора, Давида и Константина с левой стороны и Василия и Константина с Фёдором Стратилатом — с правой. Еженедельно по вторникам в часовне совершался молебен иконе Толгской Богоматери.
Надпись на втором колоколе, тоже голландского литья: «В сей колокол Богдан Хохликов вклад 80 рублев положил, Сергей Махеев 50 рублев, Иван Голяков вклад 50 рублев, Василий Шитарев вклад 20 рублев, Пишимо Колосов з братом вклад 15 рублев. А той колокол положили в дом Николе чудотворцу ярославцы посадские люди по родителех своих и по детях своих». Имелась надпись и на третьем колоколе, в 35 пудов: «Постави сей колокол в Ярославле на волгском берегу ко Благовещению Пресвятой Богородицы и рождества во имя Предтечи и Николе чудотворцу в 7134 (1626) год Павел Ондреев Светешников по своей душе и по своих родителях». Два последних колокола сохранились, они находятся в собрании Ярославского историко-архитектурного и художественного музея-заповедника (входят в набор колоколов звонницы).
Иконостас главного храма, заменивший первоначальный тябловый, был сооружён в 1751 году по рисункам, выполненным первым русским актёром Фёдором Григорьевичем Волковым, и «при усердии его отчима, купца Полушкина, и прочих горожан».
В феврале 1930 года храм был закрыт и после упразднения прихода был передан краеведческому музею. Его основной объём использовался «под фондохранилище и под временные и передвижные выставки, а в 1938 году здесь был открыт музей Ф.Г. Волкова». Подклеты храма, как правило, сдавались в аренду различным организациям под складские помещения.
В апреле 1931 года храм был закрыт и в первой половине 1930-х годов вместе с остальными постройками прихода снесён.
С 1959 года, когда был образован историко-архитектурный музей-заповедник, Николо-Надеинская церковь находится в его ведении. За прошедшие годы в храме периодически проводились реставрационные работы: поставлена новая черепичная глава над центральным объёмом (её шлемовидная форма разработана архитектором Л.Д. Лапкиной), осуществлялись чистка и укрепление резьбы иконостаса и икон, фресковой живописи с пробным раскрытием авторского слоя на нескольких композициях.
http://www.fotoyar.ru
Тёплый храм в честь Рождества Иоанна Предтечи с приделом во имя Макария Унженского с южной стороны алтаря был построен в XVII в. на средства купца Никифора Петровича Холщевникова. Он был двухэтажным. В 1836 г. главы над церковью и приделом были сняты и заменены полусферическим куполом, а вход в церковь перестроен в классическом стиле и украшен колоннами. Иконостас в храме был резной двухъярусный золоченый, с иконами «большею частию новой кисти». Вся теплая церковь была расписана стенным письмом. Под приделом преп. Макария был захоронен строитель храма Н.П. Холщевников. Теплый храм снесен после 1931 г.
