Открыта в 1887 году, каменное здание с колокольней стояло в связи со зданием училища. Храм строился на училищные деньги и на пожертвования многих духовных и светских лиц. Ктитор домовой церкви – «местный любитель благолепия, некий В.Я.К… пожелал остаться в неизвестности» (под этим именем скрывался ярославский купец В.Я. Кузнецов) — пожертвовал 18 000 рублей серебром на устройство храма и 2000 рублей на содержание храма и священнослужителей. На храм при освящении, в частности, были пожертвованы: владыкой — сторублевый банковский билет и св. икона «Моление Спасителя о чаше» в рамке под черное дерево, игуменьей Феофаной – «хороший ковчег на св. престол и семисвещник», ярославским купцом Оловянишниковым – «хорошие подсвечники и местные иконы», настоятельницей Мологского монастыря игумений Антонией – «ценные из пожертвованных Преосвященным шелковые материи на одежды, жертвенник, плащаницу, вышитые золотом по бархату».
В фонде Строительного отделения ГАЯО сохранился Генеральный план здания, планы пристройки зданий для классов, кухни и звонницы для училищной церкви.
Причт состоял из священника и дьякона, священник проживал в училищном доме. Жалованье выплачивалось из училищных сумм: священнику по должности эконома — 400 руб., по должности законоучителя — 320 руб. в 1 и 2 классах, процентов и проскомидных денег до 100 руб. (1901 г). Дьякон состоял на жалованье и получал с проскомидными 120 руб. (1901 г.).
Церковный капитал (в 1908 г. — 9500 руб.) хранился в училищном сундуке при Ярославском Губернском казначействе и состоял в заведывании Совета училища. Проценты с суммы шли пополам в пользу церкви и причта.
Причт платил внос на духовные учебные заведения. Некоторое время при церкви имелась начальная школа для девочек. Прихожанами церкви были только воспитанницы училища, число которых в 1908 г. составляло 315 человек.
В настоящее время в здании Ионафановского училища находится Ярославский государственный педагогический университет им. К.Д. Ушинского (ул. Республиканская, 108).
ГАЯО. Ф.80. Оп.1. Д. 996, Ф.230. Оп.2. Д. 4013. Л. 73, Д.4141 Л. 10-14, Д.4079, Д.4426, Д.4615. Л.48-55, Д.5055. Л. 111-114, Д.5135. Л.115-118, Ф.1118. Оп.1. Д. 4312
Учебная жизнь епархиального женского училища началась в маленьком деревянном доме на Духовской (Республиканской) улице. Первый каменный корпус на 300 воспитанниц был сооружен в 1880 году на месте старых обывательских домов, которые частично снесли, частично капитально перестроили. Училище получило имя его основателя — архиепископа Ярославского и Ростовского Ионафана.
В 1884 г. был составлен проект частичной перестройки учебного корпуса с сооружением храма при училище, но он не был претворен в жизнь, ибо оказался «неудобным к исполнению». Новый план архитектора Н. И. Поздеева, представленный в 1885 г., губернатор В.Д. Левшин утвердил. Для расширения корпуса в 1886 г. училищем был куплен каменный двухэтажный «барский» угловой дом. (Он принадлежал помещикам Горяйновым и показан как существующий уже на плане Ярославля 1809 года. Позднее, в 1850-1870-х г.г. дом сдавался основанному в 1848 г. Дворянскому клубу, с 1874 г. — принадлежал жителю города Дуссету.
В 1887 г. Покровско-Мариинскую церковь с больничной палатой на первом этаже пристроили к левому крылу здания училища, выходящему на Духовскую улицу. Главным «благоукрасителем» храма, пожертвовавшим около двадцати тысяч рублей, был купец В.Я. Кузнецов.
Храм имел двойное посвящение — в честь праздника Покрова Богоматери (в этот день открыли училище) и — по настоянию ктитора — во имя Марии Магдалины. В дар храму к его освящению петербургский купец Е. Сивохин преподнес икону Богоматери «Скоропослушница», а архиепископ Ионафан икону «Моление Спасителя о чаше». Церковь была расписана масляными красками.
В 1892 г. к западной стене храма сделали пристройку, где разместились учебные классы, кухня и колокольня.
Сотни людей спасались в здании училища от артиллерийского обстрела центральной части города в июльскую трагедию 1918 г. — воспоминания об этом оставила Нина Васильевна Калинина, проведшая здесь десять дней. Покровско-Мариинская церковь стала тогда последним земным пристанищем для безвинных жертв.
Сейчас в здании училища расположен главный корпус Ярославского государственного педагогического университета им. К.Д. Ушинского.
Рутман Т.А. Храмы и святыни Ярославля. – Ярославль: Изд. А. Рутман, 2008.