Церковь Иоанна Златоуста в Рубленом городе стояла к северо-востоку от Успенского собора, ближе к Волге. Сооружена была на деньги купца Ивана Абросимова и митрополита Ионы Сысоевича в 1690 году, на месте старой деревянной церкви. Кирпичный пятиглавый храм в духе ярославского зодчества 2-й пол. XVII в. с южным приделом, западной папертью и шатровой колокольней у северо-западного угла. Главный престол был посвящён иконе Шуйской Богоматери, зимний придел Иоанна Златоуста. В летней церкви был устроен придел во имя Ярославских Чудотворцев. Церковь была закрыта в 1919 году. Снесена после 1931 года. Сейчас на месте храма сквер.
Церковь указана в Переписной книге Ярославля 1646 г. Некоторые сведения о ней дает грамота царя Алексея Михайловича 1647 г. о приписке «Спасского монастыря слобод с крестьянами к ярославскому посаду», в которой значится: «в Кремле городе в Городовой сотне храм древяной клетцки теплый во имя Святого Ивана Златоустого, другой престол в том же храме во имя святого Тихона Чудотворца».
Наличие Тихоновского придела в храме подтверждается и надписью на сохранившемся до настоящего времени Евангелии в серебряном окладе: «Лета 7183 (1675) месяца сентября 8 день построено сие Евангелие в церковь что Иоанна Златоуста да Тихона Чудотворца Ярославля города мирское подаяние труды и обещание Ивана Абросимова». Заметим, что престол с таким же посвящением был в соседней, находившейся на очень близком расстоянии Ильинско-Тихоновской церкви.
Каменный храм был сооружен в 1690 г. на средства купца Ивана Абросимова и «собственным иждивением» митрополита Ионы Сысоевича. Посвящение престолов стало другим: главный был освящен во имя иконы Шуйской Богоматери, теплый придельный — во имя Иоанна Златоуста, но храм и приход сохранили свое прежнее название. Отметим, что довольно часто не только в городском обиходе, но и в официальных документах за храмами закреплялись названия не по их главному престолу, а по одному из придельных. В начале XIX в., еще до «поправления» церкви в 1825 г. Федором Матвеевым Дубовым, в алтарной части был устроен второй придел — Ярославских чудотворцев Федора, Давида и Константина.
В церковь Иоанна Златоуста в 1693 г. был поставлен напрестольный крест, устроенный «радением православных крестьян». Судя по документам, храм не имел стенописей, на его каменной колокольне висело пять колоколов от 25 до 2 пудов.
В XVIII в., в день престольного праздника святителя Иоанна 13 ноября, из Успенского собора в Златоустовскую церковь совершался крестный ход со всеми священниками города. В те времена храму принадлежала часовня на «харчевой площади против рыбного ряда», сборы в ней давали основной доход на содержание церкви и причта.
Следует отметить, что в ярославских месяцесловах, помимо храмового праздника 11 июля — дня, установленного Русской Православной Церковью именно для Шуйской иконы Богоматери еще в 1667 г., указывается в Златоустовском храме празднование этому образу и 10 июня.
Церковь Иоанна Златоуста была закрыта в августе 1919 г. и снесена не позднее 1929 г.
Рутман Т.А. Храмы и святыни Ярославля. – Ярославль: Изд. А. Рутман, 2008.