Семинария первоначально располагалась в деревянных корпусах; торжественная закладка новой семинарской церкви и зданий состоялась 10 августа 1871 г. Храм, располагавшийся во втором этаже здания семинарии, освящен в 1875 году. Подрядчик строительства, впоследствии и ктитор храма — почетный гражданин Валдайский, первогильдейский купец, коммерции советник В.В. Епишкин; им пожертвованы священные сосуды, облачения на престол и другие церковные принадлежности на сумму свыше 1500 руб. серебром. Первые церковные облачения были куплены на деньги (200 руб. серебром) купца П.А. Ерыкалова.
В 1918 г. после закрытия семинарии здания передали Ярославскому государственному университету, с октября 1919 г. в помещениях размещался военный лазарет, с лета 1920 г. — медицинский факультет первого Ярославского университета.
ГАЯО. Р-773. Д. 338.
Ярославская духовная семинария первоначально располагалась в специально выстроенном для нее семинарском корпусе на территории Спасо-Преображенского монастыря. Первые сведения о ней содержатся в «Географическом словаре Российского государства» 1788 года: «При сем монастыре находится семинария, заведенная бывшим митрополитом Ростовским Арсением по дозволению Святейшего Синода в 1747 году. В ней учащихся более 500 человек, преподаются науки на латинском языке: грамматика, пиитика, риторика, философия и богословие; обучаются греческому, еврейскому, французскому и немецкому языкам, а на российском: арифметике, истории и географии».
Торжественная закладка нового здания семинарии на берегу реки Которосли и храма при ней происходила в 1871 г., она началась крестным ходом с чудотворными иконами Спаса Нерукотворного, Богоматери Тихвинской и Николая Чудотворца. После молебна и освящения воды архиепископ Нил «подошел к тому месту выемки, где должен быть в будущей церкви устроен алтарь, и приступил к утверждению тут основных камней по предварительном окроплении их». Чин закладки был следующим: сначала на фундамент положили белокаменную плиту, на нее — серебряные монеты, затем — медную доску с надписью. Позднее рядом был сооружен еще один корпус семинарии.
Семинарская церковь на втором этаже здания была устроена на средства московского коммерции советника Василия Васильевича Епишкина. О посвящении храма во имя Димитрия Ростовского говорилось еще при его закладке: «Святителю Димитрию принадлежит слава устроения первого учебного заведения (в Ростове) для всего ростовско-ярославского духовенства. Святителю же Димитрию естественно было посвятить и храм».
Освящение церкви состоялось 12 января 1875 г. В новоустроенный храм были принесены в дар святыни: из церкви Иоанна Богослова — икона Димитрия Ростовского, из Рыбинского собора — икона Преображения Господня. В храмовый праздник, 21 сентября (обретение мощей святителя Димитрия), в семинарии совершалось годичное богослужение, на котором присутствовали высшие чины духовной и светской власти губернии.
В июле 1918 г., во время подавления красными войсками ярославского антибольшевистского выступления, церковь сильно пострадала от прямых попаданий снарядов в южную стену. В те страшные дни в семинарии, «в двух ее корпусах, в нижних их помещениях, нашли себе убежище до 800 погорельцев города и лиц, укрывающихся от обстрела; в числе их немало детей; преимущественно это бедняки, лишившиеся последнего имущества. Положение многих из них критическое. Для погорельцев и прочих, собравшихся в семинарии устроено и религиозное утешение: находящийся в числе их о. ректор семинарии протоиерей Дороватовский по временам совершает молебны в подвальном коридоре…».
Семинарский храм не возобновлялся — сразу после восстановления здания в нём разместился педагогический институт (в настоящее время — Ярославский государственный педагогический университет им. К.Д. Ушинского).
Рутман Т.А. Храмы и святыни Ярославля. – Ярославль: Изд. А. Рутман, 2008.