Первые документальные сведения о церкви содержатся в писцовой книге Ратуева стана Московского уезда за 1627 г. «Погост приходной на реке Пахре на Каширской дороге, — записано в ней, — а на погосте церковь Флора и Лавра деревянная, а в церкви и образы, и свечи, и книги, на колокольнице колокола и всякое церковное строение приходных людей, а у церкви на погосте во дворе поп Архип Васильев, во дворе церковный дьячок Илейка Прокофьев, во дворе пономарь Гришка Федоров, во дворе просвирница Ориньица Прокофьева дочь, да на погосте на церковной земле два двора бобыльских…, да того же погоста попа Архипа на реке Пахре на Большой Каширской дороге перевоз, церковная пустошь Рыбушкин враг на ручье».
Кроме жителей погоста в приходе церкви тогда числились жители дворцовых деревень Павловской и Белеутова, вотчин Марьи Спасителевой сельца Горки Верхние и деревни Горки Нижние, Николо-Угрешского монастыря деревень Старое и Новое Съяново, князя Алексея Михайловича Львова сельцо Пахрино.
Судьба самого погоста в те годы сложилась не совсем обычно. 46 десятин принадлежавших ему земель еще в 1626 г. по грамоте митрополита Филиппа были отданы попу Архипу, а церковь переживала не лучшие свои времена. «Ноября в 7 день 1643 г., — записано в делах Патриархии, — по указу святейшего Иосифа Патриарха Московского, а по челобитью за пометой дьяка Григория Одинцова, той церкви свв. мучеников Флора и Лавра с попа Архипа дани на прошлый 1638 год для ево бедности, имать не велено». После кончины Архипа его место занял сын Алексей Архипов, при котором в церкви появился придел во имя Николая Чудотворца. Но Алексей умер сравнительно молодым. Овдовевшая матушка куда-то съехала, а землю и перевоз в 1649 г. продали в вотчину известному боярину и воеводе князю Юрию Алексеевичу Долгорукому. В отказной книге поместного приказа бывший погост впервые назван селом, «что был погост Фроловский на р. Пахре, а в нем деревянная церковь Флора и Лавра с приделом Николая Чудотворца, а у церкви двор попа, в котором живет вдовая бобылка с четырьмя пасынками, да два двора бобыльских пустых… А по сказке сторонних людей бобыль с племянником бежал в нынешнем году, но где он живет, того они не ведают. А бобыля Гришку Иванова с детьми вывезли люди боярина Никиты Ивановича Романова в нынешнем году». Упомянутый в отказной боярин приходился двоюродным дядей царю Михаилу Феодоровичу и в то время владел соседним селом Ермолино. Князь Долгорукий владел селом недолго, оно в 1662 г. было отписано на Государя и приписано к дворцовой Домодедовской волости.
Церковь с приделом Николая Чудотворца несколько раз перестраивалась и обновлялась, но до начала XIX века оставалась деревянной. Строительство каменной церкви в некоторых печатных источниках датируется 1791 г. Но это неточно. 3 августа того года митрополитом Платоном дана лишь храмозданная грамота на строительство каменной церкви во имя Флора и Лавра с приделами во имя святых апостолов Петра и Павла и святителя Николая. По мировым ведомостям за 1798 г. церковь значится деревянной. Очевидно, строительство ее затянулось, так как работы проводились в основном за счет прихожан. В те годы в приходе числилось 110 дворов и 1242 прихожанина обоих полов. Как каменная и крытая железом она записана лишь в 1819 г., а в письме священника Михаила Васильева и церковного старосты Николая Исидорова архиепископу Московскому и Коломенскому Филарету, датированном июнем 1823 г., сообщалось, что церковь в селе каменная «и утварью довольна» и престол во имя святых апостолов Петра и Павла в правом приделе уже освящен, а на левой стороне трапезы оставлено пустое место, где они хотели бы устроить другой придел во имя святителя Николая и просили на это разрешение, приложив при этом план придела.
Получив разрешение, они приступили к устройству нового придела, сделав дубовые престол и жертвенник, двухъярусный с вызолоченной резьбой гладкий иконостас, покрытый светло-голубой краской. Царские врата изготовили резными и вызолотили их, а над ними разместили крест с Распятием Христовым. В иконостасе имелось 20 икон местных с серебряными венцами, а икона святителя Николая имела позолоченные ризу и венец. Кроме того, в приделе имелись иконы Спасителя, Божией Матери и Иоанна Предтечи, помещенные в одну позолоченную раму. «По резолюции Вашего Высокопреосвященства, — писал в октябре 1825 г. священник архиепископу Филарету, — дозволено было в нашей церкви в трапезе на левой стороне устроить вновь придел во имя Святителя и Чудотворца Николая, который ныне устроен, совершенно окончен и все благопотребное к священнослужению имеется». Освящен новый придел 18 октября 1825 г. благочинным подольским священником Василием Ивановым.
Заметный след в истории церкви оставил священник Федор Тимофеевич Шеметов, назначенный сюда в 1835 г. Молодой и энергичный, он в 1837 г. получил разрешение митрополита на первоначальное обучение детей прихожан. В этом же году по его инициативе при церкви в двух избах с сенями открыта богадельня, в которой находили кров и пищу 10-12 человек в возрасте 60-75 лет, не имеющих пристанища.
По инициативе священника Ф.Т. Шеметова в начале 50-х гг. XIX в. архитектором А. Елагиным был разработан проект перестройки трапезы и колокольни храма, а 7 мая 1852 г. получено разрешение на перестройку. Задуманное осуществляли за счет средств прихожан и пожертвований доброхотных людей, а когда оказалось, что средств на перестройку не хватает, взяли заимообразно три тысячи рублей серебром из общественной волостной суммы. В 1855 г. было завершено строительство колокольни, а в последующие пять лет — более обширных приделов, один из которых освятил сам митрополит Филарет.
В 1888 г. священник Иоанн Никитин, церковный староста, московский купец, ранее бывший крестьянином д. Павловской, Василий Семенович Леонов, сельские старосты прихода Сергей Андреевич Шурыгин, Борис Иванович Михеев представили митрополиту Иоаникию новый план перестройки храма, составленный епархиальным архитектором В.Крыгиным. В прошении о перестройке подчеркивалось, что по новому плану храм «с внешней стороны будет много величественнее, а по внутреннему устройству открытее, поместительнее, во всем удобнее», и средства и строительные материалы для перестройки имеются, а кирпич и камень старого храма будут употреблены на постройку нового.
После того как было получено разрешение митрополита, старый настоящий холодный храм в 1889 г. разобрали, а затем разобрали и своды трапезной. В соответствии с проектом стены трапезы нарастили, над ними возвели новые, более высокие своды с центральным световым барабаном, для поддержания которого поставили четыре каменных столба. По углам новых сводов разместили четыре малых глухих барабана. Вчерне строительство храма было закончено в 1893 г., когда состоялось освящение правого придела, посвященного святителю Николаю. «В большом торговом селе Подольского уезда Старый Ям, — сообщали «Московские церковные ведомости», — происходило торжество освящения одного из приделов перестраиваемого вновь сельского храма. Старый храм был невелик и не отличался особым благолепием. В новом своем виде церковь будет иметь величественный вид. Архитектура храма напоминает собою московскую церковь Василия Кессарийского. Работы производятся исключительно на доброхотные пожертвования».
Строительство предусмотренных проектом трех алтарных помещений, примыкающих к трапезе, и внутренняя отделка храма велись в последующие годы. В ходе отделки внутренние стены были покрыты штукатуркой и окрашены, а затем богато расписаны. Храм украсили три новых вызолоченных иконостаса. Перестроенная церковь могла принять одновременно до тысячи верующих. 12 июля 1898 г., освящен левый придел во имя апостолов Петра и Павла, а 23 августа — главный престол во имя свв. мучеников Флора и Лавра.
Около храма находился деревянный под железной крышей дом, в одной половине которого помещалась церковная сторожка, а в другой — просфорня. В 1899 г. при церкви основано церковно-приходское попечительство во главе со священником Владимиром Игнатьевичем Востоковым и уже в первый год 55 его членов внесли 343 рубля членских взносов, поступило 858 рублей пожертвований деньгами и на 2005 руб. строительными материалами.
В мае 1922 г. уездной комиссией по оказанию помощи голодающим из церкви изъяли все серебряные и позолоченные предметы общим весом 35,2 кг, в т.ч. девять риз с икон, два креста, четыре лампады, ковш, две звездницы, две чаши и три тарелочки. Священник и члены его семьи были лишены избирательных прав, а затем запретили колокольный звон. «Учитывая ходатайство местного населения о закрытии церкви Флора и Лавра в с. Ям Подольского района и о передаче ее помещения под столовую местного колхоза и принимая во внимание пригодность для этого испрашиваемой церкви, — записал 1 марта 1930 г. в своем постановлении президиум Мособлисполкома, — названную церковь закрыть и здание ее после сфотографирования передать местному райисполкому под устройство столовой для колхоза, с предметами религиозного культа и прочим церковным имуществом поступить согласно постановлению ВЦИК и Совета Народных Комиссаров от 8.IV.1924г. «О религиозных объединениях». В случае жалобы верующих во ВЦИК (в двухнедельный срок со дня объявления им настоящего постановления) ликвидация церкви может быть произведена не ранее рассмотрения жалобы ВЦИКом».
В 1990 г., когда стали возвращать Церкви то, что не успели сломать (колокольня была утрачена в 1940 г.), храм открыли. Службы возобновились в Великую Субботу 14 апреля — именно в Никольском приделе, созданном трудами и заботами двух подвижников — блаженного Ивана Степановича и святителя Филарета. Главный престол в храме — во имя святых мучеников Флора и Лавра, левый — во имя святых первоверховных апостолов Петра и Павла, правый посвящен святителю Николаю. Церковь действующая.
Источник: Официальный сайт храма http://hramfl.narod.ru/
Церковь Флора и Лавра сложилась во второй половине XIX в. на месте предшествующей, в результате двукратной перестройки её трапезной части. Согласно проекту замены обветшавшего здания конца XVIII в., составленному Н.Н. Елагиным в 1852 г., к 1855 г. были сооружены новая обширная трапезная и связанная с ней колокольня в два яруса.
Приостановленные работы возобновились в 1891 г. по более дешевому проекту С.В. Крыгина, который предусматривал вместо строительства нового храма использование для его устройства готового помещения трапезной. Последнее при этом было реконструировано: подняты стены и своды, поставлены четыре столба для опирания центрального светового барабана. Постройка завершилась в 1898 г. сооружением трех алтарных выступов.
Кирпичное здание с деталями из белого камня, стоящее на сводчатых подвалах, варьирует тип пятиглавого крестовокупольного храма, выработанный практикой позднего классицизма. Специфика формирования определила двойственность его художественного облика, где ампирный характер масс сочетается с эклектичной декорацией, стилизующей мотивы XVII в. Монументальный приземистый четверик храма венчают более крупный центральный и миниатюрные угловые барабаны, имеющие в композиции лишь символическое значение. Несоразмерность форм завершения основному объему — одна из существенных характеристик постройки. Колокольня разобрана.
Обширное центричное внутреннее пространство хорошо освещено верхним и боковым светом. На стенах и сводах — фрагменты фигур и сюжетных росписей конца 1890-х гг. Три стоявших в ряд иконостаса того же времени утрачены.
По материалам книги «Памятники архитектуры Московской области: Иллюстрированный научный каталог». Выпуск 1. Часть 2.; МЦВ. — 1893. № 3.; МЦВ. — 1898. № 40.; Архив ИИМК, ф. P-III, № 3978. Метрика, 1887 г.; ЦИАМ, ф. 203, on. 458, д. 10, 1888 г.
