Первая семинария впервые открылась в 1858 году, когда в Якутск была переведена духовная семинария из Ново-Архангельска (ныне Ситка). Семинария была переименована в Якутскую духовную семинарию, которая вместе с Якутским духовным училищем разместилась в отремонтированных зданиях духовного училища в Спасском монастыре. Ректор архимандрит Петр (Екатериновский), преподаватели и учащиеся Новоархангельской семинарии прибыли в Якутск 12 сентября того года, а 17 сентября начался учебный процесс. Семинария разделялась на два класса с трехгодичным курсом в каждом. В Якутских духовных школах проходили обучение юноши из числа коренных жителей, которых учили основам Православной веры и русскому языку; в сентябре 1860 года в учебный план семинарии был также введён якутский язык. В ночь на 21 января 1870 года в результате пожара здание духовной семинарии и соединенного с ней духовного училища было уничтожено. Вместе с ними в огне погибла библиотека. В связи с этим 17 июня по определению Святейшего Синода Якутская духовная семинария была переведена в город Благовещенск, положив начало Благовещенской духовной семинарии.
Якутское духовенство на своих епархиальных съездах в 1874, 1880 и 1881 годах не раз поднимало вопрос о восстановлении в Якутске духовной семинарии. К 1882 году были подготовлены проекты штатного расписания и сметы. Основными мотивами возрождения семинарии являлись хроническая недостаточность кадров духовенства и трудности пути в Иркутск, куда должны были ехать выпускники духовного училища для продолжения образования.
Наконец в 1884 году, стараниями епископа Якутского Иакова (Домского), семинарию удалось возродить. 21 апреля того года был Высочайше утвержден журнал Святейшего Синода об открытии в Якутске трёхклассной духовной семинарии с двухгодичным курсом в каждом классе и о соединении её с духовным училищем. Торжественное открытие семинарии состоялось 1 октября того года. Было построено новое двухэтажное, деревянное здание, в котором были размещены училище и семинария. В 1886 году при семинарии была построена домовая Покровская церковь. Средства на строительство храма были пожертвованы известным якутским меценатом, почетным инородцем Олекминского округа С. И. Идельгиным. В 1887 году было возведено новое двухэтажное деревянное здание Якутской семинарии. В 1903 году во дворе состоялось закладка нового корпуса.
5 апреля 1920 года постановлением Якутского губревкома все духовные учебные заведения Якутска были закрыты, а их здания переданы в ведение школьного коллектива при губревкоме. В 1950-1960-е годы здание семинарии использовалось в качестве жилого дома, а в 1970-х годах — сгорело. По состоянию на 2010-е годы на месте бывшего здания Якутских духовных семинарии и училища находился жилой дом по улице Ленина, 7/1.
Третье рождение семинарии состоялось 5 октября 2011 года, когда решением Священного Синода Русской Православной Церкви, по ходатайству епископа Якутского Романа (Лукина), восстановленное в 2006 году Якутское духовное училище было преобразовано в Якутскую духовную семинарию.
По материалам: https://drevo-info.ru/articles/13677912.html