В 1568 году Чуркинский остров, с расположенным рядом учугом, был передан во владение Астраханскому Троицкому монастырю. По монастырскому преданию первую церковь здесь построил основатель Троицкого монастыря преподобный игумен Кирилл. Церковь была освящена в честь святителя Николая чудотворца. Сам преподобный Кирилл пожертвовал для этого храма образ святителя Николая. Эта икона прославилась впоследствии многими чудесами и исцелениями. В середине XVII веке здесь по воле Божией появилась ещё одна святыня, чудотворная Смоленская икона Божией Матери. Как повествует предание, в 1669 году, когда разбойничья ватага Степана Разина грабила в низовьях Волги, часть разбойников остановилась на бугре вблизи Чуркинского учуга. В числе награбленного оказалась и икона Смоленской Божией Матери, которую злодеи, содрав с неё ризу, хотели сжечь. Но как только разожгли они на иконе костер, огонь перекинулся на них, ослепив разбойников, которые в ужасе разбежались. Икона же чудесным образом пошла по воде и оказалась на монастырском учуге, где монахи с честью поставили её в храме Николая Чудотворца. Впоследствии от этой иконы произошло много чудес, так что жители окрестных сел часто брали её к себе на дом, для служения перед ней молебнов.
В XVII веке Чуркинский учуг перешел во владение Астраханского Спасо-Преображенского монастыря, носившего титул патриаршего. Монахи постоянно жили здесь при церкви, стояшей на берегу речки Чурки. В 70-х годах XVII столетия здесь появился новый необычный насельник. Как повествует монастырское предание, принимавший участие в казни священномученика Иосифа митрополита Астраханского, палач Ларька, жегший его на костре, неожиданно получил вразумление через болезнь, и, осознав, что наказан за грехи, удалился от всех сюда, в низовье Волги, выкопав себе пещеру на бугре, стоявшем близ Чуркинского учуга. Получив за то, что мучил привязанного к бревну, чурке, святителя, прозвание Чурки, этот бывший палач, так и остался в памяти народной с этим именем. Подвизавшись многие годы в посте и молитве пещерник Чурка скончался здесь, и погребен был монахами. С этого времени вслед за ним и другие подвижники стали рыть пещеры в бугре, и сейчас, как утверждают местные жители, внутри бугра прорыто множество ходов, проход к которым закрыт от посторонних глаз. В начале XVIII века и саму Никольскую церковь перенесли на «Высокую гору», как в народе называли Чуркинский бугор, за его превосходство над всеми другими буграми в округе. В 1762 году при Астраханском епископе Мефодии Чуркинская пустынь из подворья Спасо-Преображенского монастыря превратилась в самостоятельную обитель. При этом же архиерее пустынь пережила свой первый расцвет. Были выстроены каменный Никольский храм и каменная ограда с четырьмя башенками. При монастыре был свой богатый виноградный сад и большое стадо из лошадей местной «Архиерейской» породы, которые отличались «сановитостью и особенной естественной силою». Благоденствие обители продолжалось до 1806 года, когда рыболовные воды, принадлежавшие ей, были отобраны в казну. Монастырь захирел, так что шли разговоры о целесообразности его дальнейшего существования. Новый расцвет обители был связан с именем архимандрита Евгения, назначенного её настоятелем в 1840 году. Это был замечательный человек, старец, за советом и помощью к которому тянулись люди из разных уголков Астраханской губернии и даже России. При нем Чуркинская пустынь приобрела такое значение, что её сравнивали с Оптиной пустынью, центром Российского старчества. При преемнике старца Евгения, архимандрите Паисии в монастыре был выстроен величественный Успенский собор, и были возвращены прежние монастырские рыболовецкие воды. Архимандрит Паисий был также человеком высокой духовной жизни, старцем. Воспитанник знаменитой Глинской пустыни, он стал приводить устав Чуркинского монастыря в соответствие с её уставом. А устав Глинской пустыни был очень строгим, по примеру Афонских монастырей. То, что начал архимандрит Паисий, было продолжено при архимандрите Македонии Жирове, также выходце из Глинской пустыни, который привез с собой на Чурку несколько десятков монахов. В 1910 году при Чуркинской пустыни был основан Иоанно-Предтеченский скит, настоятель его иеромонах Досифей Кузьмин позже последний архимандрит монастыря, был старец высокой жизни, молитвенник. По молитве братии увеличивалось благосостояние обители. Здесь имелся свой кирпичный завод, различные мастерские, сады и виноградники, многочисленное поголовье скота. Дорога от монастыря до села Большой Могой, где была пристань, была выложена из кирпича, следы чего можно видеть до сих пор. Но богатство обители, в первую очередь, обеспечивал труд её насельников, которых в начале XX века было около 150 человек. Когда монастырь в 1919 году закрыли, ни местное сельское общество, ни расположенный в его стенах детский интернат не знали, что делать со столь обширным хозяйством. Инвентарь ржавел под открытым небом, сады хирели, огород зарастал, помещения рушились на глазах. В 1930 году были снесены колокольня и собор обители, кирпич от которых возили в поселок им. Володарского для строительства рыбокомбината. Сломали в то время и все здания скита, и большую часть зданий в обители. Здесь же впоследствии располагались то интернат, то санаторий, то туберкулезная больница. Последней в оставшихся от монастыря помещениях, находилась психбольница, которую закрыли в начале 1990-х годов.
