Церковь размещалась в центре здания на 2-м этаже . На крыше была звонница. 3-й и 4-й этажи надстроены в советское время.
Школа была основана в 1838 при Военном сухопутном госпитале и занимала отдельное здание рядом с ним. Студенты (их было 300 человек) поначалу посещали госпитальную церковь. В 1877 начальник школы просил госпиталь передать ей другую, Вознесенскую, церковь, но получил отказ. Перед началом учебного года в 1893, в столовой школы, в память о спасении Императорской семьи в Борках, был освящен образ Божией Матери. Через несколько месяцев было позволено учредить собственную школьную церковь, надстроив для этого дворовый флигель. Военное министерство выделило на эти работы 30 тыс. руб.
Храм заложили 3 июля 1894 по проекту воен. инж. М. А. Иванова, а 19 октября 1895 протопресвитер А. А. Желобовский освятил его во имя Покрова Пресвятой Богородицы, бывшего праздником школы. Иконостас, который подарил купец Ротин, вырезали из дуба по рисунку Г. Шенборга. Иконы в нем написал И. П. Распопин. Храмовым образом был „Покров“ кисти К. П. Брюллова, переданный в 1869 в госпитальную церковь из Военно-начальной школы в Архангельске. Последним перед революцией священником состоял прот. Василий Петрович Рождественский.
Церковь закрыта в 1921. Надстроенное в 1988 здание принадлежит Военно-медицинской академии.
Антонов В.В., Кобак А.В. Святыни Санкт-Петербурга. Христианская Историко-церковная энциклопедия. СПб., Изд-во: «Лики России», 2003. http://www.encspb.ru/object/2804676670?lc=ru
