Николо-Вяжищский монастырь был основан в конце XIV века тремя благочестивыми иноками Евфросином, Игнатием и Галактионом. В 1411 г. на месте явления чудотворного образа свт. Николая был построен храм в его честь, а в 1419 г. – надвратный храм прп. Антония Великого. В обители положил начало иноческих подвигов будущий свт. Евфимий, архиепископ Новгородский. В 1438 г. он заменил деревянную Никольскую церковь на каменную, в 1457 г. построил и расписал каменную церковь во имя св. ап. и ев. Иоанна Богослова с теплой трапезной и многими монастырскими службами.
В 1681 г. на месте обветшавшего Никольского храма был заложен двухэтажный, четырехстолпный, пятиглавый, окруженный папертью и галереями собор с тем же посвящением. Его освятил в 1685 г. митрополит Новгородский Корнилий. В 1691 г. в подцерковье собора, над могилой святителя Евфимия, был освящен придел в его честь. Здесь почивали под спудом мощи святителя и хранились его вериги.
Архитектурный ансамбль монастыря продолжал создаваться и в следующем столетии. Его уникальной особенностью является убранство фасадов и интерьеров полихромными изразцами, выполненное в 1-й четверти XVIII века. Главный храм обители, освященный в честь Николая Чудотворца, типичен для московского зодчества того времени — трехапсидная постройка, два этажа, увенчанные пятиглавым навершием. У него характерные галереи и крыльцо, а снизу — подземный храм святителя Евфимия.
В 1920 г. монастырь был закрыт, храмы и постройки использовались местным колхозом для хозяйственных нужд. На втором этаже трапезной палаты располагалась школа. В Никольском соборе богослужения продолжались еще около 15 лет. Здания монастыря сильно пострадали в годы Великой Отечественной войны. До наших дней постройки конца XVII века сохранились: Никольский собор, 1681-1683 гг., освящен в 1685 г. митрополитом Новгородским Корнилием; трапезная с церквями святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова и Вознесения Господня (1694-1698); галерея, соединяющая их и имеющая два парадных крыльца.
В 1989 г. обитель была возвращена Церкви, 11 сентября совершена первая Литургия. 31 марта 1990 г. митрополитом Ленинградским и Новгородским Алексием (Ридигером, +2008) был освящен нижний храм в честь свт. Евфимия. 19 мая 2000 г. малым чином освящен верхний Никольский собор. В 1995 г. монастырь возведен в статус ставропигиального.
