Основан 1 сентября 1836 года на основе архиерейского подворья после канонизации первого воронежского епископа Митрофана и обретения его мощей. До 1918 года имел статус 1-классного необщежительного монастыря. В 1929 обитель была закрыта. А мощи св.Митрофана переданы в музей. На месте разрушенных во время Отечественной войны 1941-1945 годов построен Воронежский Государственный Университет
Основан 1 сентября 1836 года попечением Воронежского архиепископа Антония (Смирницкого) на базе кафедрального собора. В состав монастыря были включены архиерейский дом и кафедра епархиального воронежского архиерея. Строительный комплекс монастыря составлял единую строительную композицию с утраченным позже Благовещенским собором, строительство которого велось при инициативном участии и денежной поддержке епископа Митрофана, поэтому новый монастырь и получил свое заглавие по имени головного храма и епископа. В проектировании строительного ансамбля монастыря, сложившегося в конце XVIII — начале XIX века, по местному преданию, участвовал узнаваемый конструктор Д. Кваренги.
До 1918 года имел статус первоклассного кафедрального необщежительного монастыря. Храмы обители: Благовещения Пресвятой Богородицы, собор (1718-1733); Живоносного Источника иконы Божией Матери, часовня (1893); церковь Митрофана, епископа Воронежского (1838-1839); Михаила Архангела, собор (1838-1839); церковь Рождества Христова (1826).
До революции на Митрофановской площади находилось кольцо конно-железной городской дороги. В 1920 году на месте бывших торговых лавок был устроен сквер (просуществовал недолго). Когда сажали деревья, нашли кирпичное подземелье под площадью. В это время в самом монастыре жизнь ещё текла обычным чередом, но в примыкающих зданиях находились места для заключенных (лагеря). Во время гражданской войны строения монастыря очень пострадали, а некоторые позже стали жилыми. В 1927 году их попробовали реконструировать.
В январе 1926 года новый воронежский архиерей Петр (Зверев) под давлением властей сделал местом собственного пребывания Алексеево-Акатов монастырь. В 1929 году Митрофанова обитель была закрыта, рака мощей свт. Митрофана была передана в музей. В 1920-х годах было запланировано провести к площади трамвайные пути, но к тому времени монастырь уже не стал быть центром городка. По сообщениям в газете «Коммуна» от 8 мая и 2 декабря 1930 года следовало, что в промежутке улиц Плехановской и Володарского строится «жилищный комбинат» со столовой, детскими яслями, залом заседаний и публичными комнатами. В 1930-х годах в зданиях монастыря были и студенческие общежития, и областной архив, и архивное управление.
Во время Великой Отечественной войны монастырский комплекс пострадал из-за обстрелов и оккупации германцами правого берега Воронежа. Колокольня использовалась как пункт наблюдения за русскими войсками, она была разрушена фактически до основания. Колокольня размещалась когда-то у юго-западного угла головного корпуса ВГУ. После войны, как и другие храмы Воронежа, Митрофановский употреблялся под жильё. В конце 1940-х годов этот район называли «Старым городом».
В послевоенные годы на месте Митрофановского монастыря планировался к строительству мемориал памяти Великой Отечественной войны. Проект был разработан академиком архитектуры Л.В. Рудневым. Предполагалось выстроить музей с ротондой и высочайшей башней в память о колокольне. Но в 1950 году председателем горисполкома Н.В. Бельским, основным архитектором городка Н.В. Троицким был подписан акт о строительстве на Митрофановской площади строения Воронежского государственного университета. Площадь была переименована в Университетскую.
Строения монастыря были окончательно снесены в 1950-е годы.
https://drevo-info.ru/articles/13672494.html
Митрополит Евгений Болховитинов писал: «Нынешний архирейский дом, Семинария и конюший двор с 1784 по 1787 год выстроен Преосвященным Тихоном III по плану лучшей Италианской Архитектуры, сочинённому славным придворным Архитектором Гварением (Джакомо Кваренги) и конфирмованному Государынею Императрицею Екатериною II, с выдачею на постройку из Казны 35 тысяч рублей.
Журнал «Православные Храмы. Путешествие по Святым местам». Выпуск №224, 2017 г.
В существовавшем ранее Воронежском Благовещенском Митрофановом монастыре находилась свято чтимая не только в пределах Воронежской епархии, но и вне оной, икона Смоленской Божией Матери. Икона эта огромного размера; на ней серебряная позлащенная риза весом 2 пуда.
По преданию, эта икона находилась первоначально в Предтеченском монастыре в г. Азове. По обратном возвращении Азова туркам в начале XVIII ст., монастырь был переведен в Богучарский уезд и соединен с существовавшею тогда Успенскою пустынью, ныне Донецкий Предтечев монастырь, а икона была перенесена в Троицкий Борщев в Корот. уезде, монастырь, а оттуда при преосвящ. Иоакиме, епископе Воронежском, была перенесена городскими священниками в Воронежский Благовещенский кафедральный собор. Первая серебряная риза на эту икону была сделана епископом Иоакимом на свои средства.
В настоящее время эта икона находится в Благовещенском соборе Митрофанова монастыря на втором левом столбе, в богато устроенном киоте. В том же Митрофановом монастыре пользуется особенным уважением икона Смоленской Божией Матери небольшого размера, по преданию, бывшая келейною у святителя Митрофана.
«Указатель храмовых празднеств в Воронежской епархии» выпуск 4, Воронеж. Типография В. И. Исаева, 1886 г.
