Деревянная церковь в честь Знамения Пресвятой Богородицы над могилой преподобного Галактиона Вологодского был построен при епископе Варлааме II. Затем её заменили каменной постройкой, которая была разобрана по причине ветхости и пожара в 1854 году. На её месте в 1861-1867 годах возвели новую тёплую двухэтажную пятиглавую четырехпрестольную церковь прежнего посвящения.
Храм был до основания уничтожен в 1930-е годы.
vologda-eparhia.cerkov.ru
На странице, посвященной монастырскому собору Сошествия Св. Духа середины XVII в. (который был холодным и однопрестольным), помещена информация, относящаяся к двухэтажной Знаменской церкви того же монастыря, построенной в конце 1860-х гг.: «В верхнем этаже церкви располагался один престол — во имя Знамения Божьей Матери, храмовый праздник в честь иконы Знамения отмечался ежегодно 27 ноября. В нижнем этаже было три престола: на северной стороне — престол во имя ростовских чудотворцев, святителей Димитрия и Иакова; на южной стороне — престол во имя Святого Благоверного Князя Иоасафа Каменского; средний — престол во имя преподобного Галактиона, Вологодского чудотворца. В храме Знамения Пресвятой Богородицы, на левой стороне, под аркой, покоились мощи преподобного Галактиона, основателя монастыря, на правой стороне — мощи Святого Благоверного князя Иоасафа Каменского».
Мощи св. князя Иоасафа Каменского в настоящее время хранятся (в малом ковчежце) в верхнем храме Богородского кафедрального собора Вологды.
Известно, что в 1654 г. была построена также вторая церковь — Знаменская. В 1854 г. Знаменская церковь (возможно, следующая?) сгорела. Вместо неё строилась каменная, двухэтажная церковь с трапезной. Она была построена вчерне к концу 1867 г. Престолы в честь: иконы Божией Матери «Знамение» — главный, прп. Галактиона Вологодского, прп. Иоасафа Спасокубенского, свтт. Димитрия и Иакова Ростовских.
http://parishes.mrezha.ru/monastery_history.php?id=10023