Первоначально в архиерейской ограде, построенной между 1670 и 1672 годами, было несколько ворот, но почти все они в настоящее время заложены. Небольшая надвратная Воздвиженская церковь была выстроена в конце XVII века вместо шатрового верха над главными Святыми воротами, выходящими к Софийскому собору. Церковь была освящена в 1692 году.
Это достаточно скромное по своей архитектуре здание имеет традиционную композицию объемов. Сравнительно небольшой четверик, увенчанный одной главой, возвышается над прямоугольным алтарем и узкой, сдвинутой к северу трапезной. Прямоугольная форма алтаря была типична для надвратных храмов XVII века.
Воздвиженская церковь упразднена приблизительно одновременно с постройкой теплого Воскресенского собора, т.е. в 70-х годах XVIII века. После упразднения церкви здесь помещалось Епархиальное Древнехранилище, инициатива устройства которого принадлежала вологодскому историку и археологу Н.И. Суворову. В 1896 году древнехранилище было открыто и передано в ведение «Постоянной церковно-археологической комиссии любителей истории и древностей».
Надвратная Воздвиженская церковь сохранилась до настоящего времени, но ее прежний облик был несколько искажен купольным покрытием и вычурной главой, относящимися к XVIII веку. По Г.К. Лукомскому: «За экономским корпусом далее следует надвратная церковь, соприкасающаяся не непосредственно, а помощью, имеющего меньшее значение и высоту, здания. Церковь надвратная — высокий четверик, стены которого украшены пилястрами и покрыты плоским куполом, увенчанным, позднего стиля, барочною главкою сложного рисунка. К церкви примыкает выступ, в котором начинается проездная арка; часть ее несомненно заделана. К этому выступу примыкает галлерея, верхний этаж которой состоит из маленьких окон, а низ состоит из двух широких арок, но они были заделаны, и теперь лишь профиль карниза, оттенявшего их прежде, указывает на места арок. Закрытая галлерея соединяется с Крестовой церковью, представляющей собою еще более высокий четверик, нежели Надвратная церковь, стены которого убраны только двумя (по краям) пилястрами, а наверху снабжены рядом кокошников. Куб перекрыт четырехскатной крышей, заканчивающейся главкою с большим куполом. Дальше следует жилой корпус, а снаружи ко всей этой северной части «архиерейского дворища» примыкает открытая галлерея на шести столбах, имеющих в нижнем этаже квадратное основание, а в верхнем — вид колонн. Белые части прекрасно выделяются на темном фоне стены и особенно в этом месте, где всегда ложится от крыши густая тень. Еще резче выделяются балясины между колоннами галлереи».
Источники: Г.К. Лукомский. «Вологда в её старине». СПБ., «Сириус – СПБ», 1914. http://www.booksite.ru/fulltext/lou/kom/sky/
http://www.cultinfo.ru/arts/architecture/vologda/000019/report.htm
