Самое древнее указание на существование церкви Иоанна Предтечи, еще деревянной, относится к 1618 году. Закладка каменного храма во имя пророка Иоанна с приделом в честь святителя Алексия, митрополита Московского, состоялась 23 мая 1710 года, однако когда церковь была закончена и освящена, точно не известно.
Здание каменной Предтеченской церкви состояло из двух одноэтажных отделений: холодного и теплого. В холодной церкви располагался престол во имя усекновения главы Иоанна Предтечи, древнейшее устроение которого восходит ко времени царствования Иоанна Грозного, в честь его тезоименитства, которое праздновалось 29 августа. В 1717 году холодный храм был украшен стенной росписью. Считается, что роспись исполняла бригада ярославских мастеров во главе со «знаменщиком» Федором Игнатьевым — одним из ближайших помощников знаменитого ярославского изографа Дмитрия Плеханова, расписавшего Софийский собор Вологды. К счастью, графический рисунок, а в части фресок также и цветовая гамма остались нетронутыми, что позволило при реставрации в XX веке вернуть фрескам первоначальный вид.
В 1924 году церковь была закрыта для богослужения и передана Вологодскому музею. Храм входил в число наиболее ценных памятников города, что позволило сохранить уникальные росписи. Сейчас церковь Иоанна Предтечи включена в состав памятников, находящихся под охраной государства.
Церковь Иоанна Предтечи находится на юго-восточной стороне площади, называвшейся прежде Спасской, или Сенной, на которой располагались еще три храма: Спасообыденный всеградский собор, церкви Николая Чудотворца и Афанасия Александрийского. Церковь называлась Иоаннопредтеченской по главному престолу холодного храма во имя Усекновения главы Иоанна Предтечи; а «Рощенской» — по местности, на которой находилась, называвшейся прежде Рощеньем, возможно, от бывшей здесь встарину рощи. Эта местность простиралась от Иоаннопредтеченской церкви к югу до церкви Преподобного Кирилла Белозерского, также именуемой «Рощенской». Самое древнее указание на существование этой церкви, еще деревянной, относится к 1618 году. Время и повод ее первоначального основания неизвестны. Эта деревянная церковь называлась не Предтеченской, а Алексеевской, вероятно по первоначальному после ее основания, и позднее существующему в теплом отделении каменного храма, престолу во имя Алексия Митрополита Московского. С этим названием церковь писалась в окладных церковных книгах и других документах XVII и первой четверти XVIII столетия до 1728 года, с которого стала именоваться Иоаннопредтеченской.
Уже тогда церковь принадлежала к числу наиболее посещаемых и богатых храмов Вологды: при ней находилось значительное количество (77) приходских дворов, которым она превосходила большую часть приходских церквей города, и ежегодно платила крупную церковную дань.До 1710 года церковь была деревянной и состояла в конце XVII века из трех отдельных зданий: двух храмов — холодного во имя Иоанна Предтечи и теплого во имя Митрополита Алексия, и колокольни. Церковь Алексия сгорела во время грозы 26 мая 1698 года, колокольня во время пожара, по ее близости к горящему храму, была срублена.
Закладка каменной церкви во имя Иоанна Предтечи, с приделом святого Алексия Митрополита Московского, состоялась 23 мая 1710 года, однако когда церковь была закончена и освящена, точно неизвестно. В 1851 году деревянная ограда вокруг церкви была заменена каменной, с железными решетками и двумя небольшими восьмиугольными башнями на западных углах. Здание каменной Предтеченской церкви состояло из двух одноэтажных отделений: холодного и теплого, — и находилось в связи с колокольней. Колокольня была пристроена к теплому корпусу, который в свою очередь примыкал к западной стене холодного храма. До 1865 года колокольня церкви была невысокой и за-канчивалась шатровым верхом, в том же году на средства прихожанина Леденцова она была разобрана до «звона» и значительно надстроена, а ее шатровый верх был заменен высоким остроконечным шпилем.
В холодной церкви располагался престол во имя Усекновения главы Иоанна Предтечи, древнейшее устроение которого восходит ко времени царствования Иоанна Грозного, в честь его тезоименитства, которое праздновалось 29 августа. В теплой церкви располагались два престола: на северной стороне — во имя Святого Алексия, Митрополита Московского, на южной — во имя Святого Иннокентия Иркутского. Этот последний престол был устроен в 1832 году на средства купцов Свешниковых, прихожан церкви, в память о возвращении им в Иркутске потерянного сына после молитв, вознесенных Святителю Иннокентию Иркутскому. Первоначально Иннокентиев придел помещался в тесном юго-восточном углу теплой церкви. В 1860 году теплая церковь с южной стороны была увеличена каменной пристройкой, и престол Иннокентия Иркутского был перенесен туда в 1863 году. Этот придельный храм был освящен 19 января 1864 года Преосвященным Христофором, епископом Вологодским и Устюжским. В 1717 году холодный храм был украшен стенной росписью, но на клеймах не сохранились имена художников — иконописцев. Роспись покрывала стены, своды и алтарь холодной церкви. Фрески поновлялись (реставрировались) в 1856-1859 годах, вследствие чего появились тона, несвойственные росписи начала XVIII века. Однако графика сохранилась, и можно установить точный рисунок многообразных сюжетов, кроме того была сохранена древняя роспись в нишах окон.
Источник: http://www.cultinfo.ru/arts/architecture/vologda/000038/report.htm