Первоначально здание церкви Илии Пророка было построено в октябре 2014 года в районе Южное Тушино СЗАО г. Москвы как временный деревянный храм в честь апостола и евангелиста Иоанна Богослова при строящейся Никольской церкви на Лодочной улице. Небольшой, деревянный, шатровый одноглавый храм построен по проекту, разработанному архитектором А.Е. Михеевым и несколько раз повторен в Москве: храм Святителей Московских в Кунцеве (2012), Никольская церковь в Рыжове (2016) и др. 6 ноября 2018 года злоумышленник поджёг церковь.
Храм, переживший пожар, был разобран и после реставрации собран на противоположном берегу Химкинского водохранилища, на территории бывшего сельца Никольское (ныне Войковский район САО г. Москвы). 8 июня 2019 года по благословению Святейшего Патриарха Кирилла было совершено малое освящение храма епископом Сергиево-Посадским Парамоном, управляющим Северным викариатством г. Москвы. Церковь построена по программе «200 храмов» и является временным деревянным храмом на месте строительства храмового комплекса во имя Пророка Божия Илии в Головине.
