Построена в 1911 году над могилой С.А. Ваховича.
Владивосток. Из века в век. Путеводитель. Владивосток: Дальпресс, 2002
В 1910 году к западу от архиерейского дома над могилой известного дипломата, консула России в Китае Александра Степановича Ваховича (1858–1904) была заложена каменная часовня-усыпальница. 9 февраля 1911 года часовня была освящена архиепископом Евсевием в честь святого благоверного князя Александра Невского — небесного покровителя А.С. Ваховича.
После закрытия подворья первой пострадала Александро-Невская часовня — она была обезглавлена, из неё были выброшены надгробные плиты. В 1930-1931 годах в часовне была разрушена шатровая крыша. С 1960-х годов часовня использовалась как жилой дом.
Возрождение подворья началось в 1989 году, когда часовня Александра Невского была возвращена Русской Православной Церкви. В 2013 году она была полностью восстановлена и освящена как храм св. кн. Александра Невского при Марфо-Мариинской обители Милосердия.