На протяжении всей своей истории Вилюйск был мощным форпостом становления и развития Православия в Якутии. Вместе с освоением русскими первопроходцами этого сурового края начался процесс знакомства местных племен с русской христианской культурой, а через нее и с культурой общеевропейской. Вместе с казачьими отрядами, достигавшими весьма отдаленных мест, путешествовали и церковные миссионеры. Они изучали язык, нравы и обычаи северных народов. Ими были составлены первые молитвы на языках народов Севера. Их труды способствовали духовному просвещению Восточной Сибири. В XVII в. церкви строились только там, где жили русские, поскольку они обслуживали в основном русское население. На территории Вилюйска, несмотря на отсутствие в это время храмов и постоянного духовенства, православные традиции сохранялись среди казачества.Новый этап развития церковной жизни вилюйского края связан с именем епископа Иркутского и Нерчинского Иннокентия (Неруновича), который путешествовал с миссией по берегам Вилюя в 1741 г. Проповедническая и миссионерская деятельность епископа Иннокентия и прибывшего с ним духовенства нашла отклик в сердцах местного населения. Обращая местные племена в православную веру, каждый священник собственной жизнью являл пример духовной и нравственной чистоты, именно это и было залогом успешной миссионерской деятельности. Во время пребывания на территории теперешнего Вилюйска владыка Иннокентий заложил здесь часовню во имя Святителя Николая, а затем ходатайствовал перед Синодом о строительстве в городе Никольского храма. Разрешение было получено и 28 августа 1742 г. состоялось великое освящение построенной церкви. «Деятельность первого православного храма в бассейне Вилюя дала толчок к складыванию постоянного населения в регионе и во второй половине XVIII в. оно превращается в небольшое селение русских казаков, духовенства и чиновников». В 1784 г. Николаевская церковь сгорела и на ее месте в 1800 г. построена новая Николаевская церковь. Это был деревянный, двухэтажный храм с колокольней над папертью. Нижний этаж отапливался для совершения служб в холодное время года, верхний храм на втором этаже использовался летом. Церковь простояла 100 лет и была разобрана из-за подмыва берега течением реки.
Источник: сайт Свято-Никольского храма г. Вилюйска