Первоначально до строительства Верхоянского храма прихожане были причислены к приходу Зашиверской Спасской церкви. В связи с территориальными трудностями посещения храма в 1806-1807 гг. крещеные инородцы под руководством головы М. Попова (Кулун) обратились с ходатайством к епископу Иркутскому, Нерчинскому и Якутскому Михаилу с просьбой о разрешении о строительстве церкви в Верхоянске на урочище Эбэ. После рассмотрения данного вопроса в Иркутской духовной консистории в июне 1808 г. из Иркутского губернского правления был послан указ Верхоянскому комиссару о необходимости составления акта «о действительной надобности церкви». По решению Иркутской духовной консистории от 30 января 1819 г. был образован самостоятельный Верхоянский приход, выделенный из Зашиверской церкви в количестве 352 дворов (5224 прихожанина).До построения церкви в Верхоянске на западном берегу р. Яны действовала часовня во имя Благовещения Богородицы (Благовещенская), построенная на средства крещеных якутов и проезжающих из Якутска в Зашиверск и Колымск купцов. Более ранние сведения о часовне относятся к 1793 г.В 1814 г. жители Верхоянска подали прошение миссионеру А. Слепцову с просьбой о получении благословения на строительство храма или освящение часовни в чин церкви. В мае 1816 г. была получена резолюция епархиального архиерея «Позволить иерею Слепцову построить новую церковь».Верхоянская Благовещенская однопрестольная церковь была заложена 4 сентября 1817 г. Средства на строительство храма были собраны прихожанами. В августе 1817 г. священник А. Слепцов был переведен из Колымска в Верхоянский приход. Освящение церкви состоялось 21 июня 1823 г. по благословению епископа Икутского, Нерчинского и Якутского Михаила. Обряд освящения проводил священник А. Слепцов. Основная церковная утварь была перенесена из Благовещенской часовни.Здание церкви деревянное, с одним престолом, одноэтажное в колокольней. После образования самостоятельной Якутской епархии Верхоянская церковь была переведена в чин собора – церковно-административного центра Верхоянского округа. При соборе действовала библиотека книг духовно-нравственного содержания и в 1909 г. был составлен каталог библиотечного фонда.В 1825 г. было образовано Верхоянское благочиние с исполнением иереем храма обязанностей благочинного. В 1830 г. в храм были доставлены заказанные на средства собранные прихожанами большой серебряный с золотой потир и серебряная с позолотой, украшенная стразами дарохранительница.В состав причта, по штатному расписанию 1883 г., входили протоиерей, диакон и псаломщик. Указом Синода от 19 января 1902 г. была введена должность священника. Протоиерей собора исполнял также обязанности благочинного церквей Верхоянского благочиния.Причт собора получал государственное жалование и пайковое довольствие, был обеспечен 55 десятинами земли, из которых 33 десятины были выделены в марте 1823 г. и отмежеваны в 1831 г. Дополнительно в 1853 г. было отведено ещё 22 десятины. В 1903 г. был приобретен дом у отставного казака Г.Дъячковского для священника, в 1904 г. на средства причтового капитала и приходского попечительства прихожанами был построен новый деревянный дом для настоятеля собора, а в 1909 г. состоялась покупка юрты для псаломщика.В Верхоянском приходе было расположено 7 часовен: Воскресенская — в 1 Байдунском наслеге; Предтеченская — во 2 Юсальском; Николаевская — в 3 Байдунском; Афанасьевская — в 4 Юсальском; Иннокентьевская — во 2 Байдунском наслеге; Николаевская — в 1 Эгинском наслеге; Николаевская — во 2 Эгинском наслеге.С 1900 г. при соборе было открыто церковно-приходское попечительство. Действовала библиотека духовно-нравственной литературы. К 1910 г. в приходе Верхоянского собора проживало 2963 прихожанина г.Верхоянска, Куринского, 2 и 4 Юсальских, Эльгетского, 1, 2 и 3 Байдунских наслегов.В советское время здание собора использовалось как почтовое отделение, в 1937 г. сгорело.Источник: сайт Музея истории Православия в Якутии