Верхнемуллинский починок упоминается в 1597 году в Строгановских писцовых книгах. Село Верхние Муллы упоминается в 1623-1624 годах под названием Никольское. В XVII-XIX веках оно было административным и хозяйственным центром владений Строгановых.
Клировая ведомость В. Муллинской Николаевской церкви за 1901 год называет дату постройки 1762 год «тщанием князей Голицыных и Шаховских». По всей видимости, и обновлена «тщанием князей Голицыных и Шаховских».
Окончательной же вид храм приобрел в 1857-1871 годах. Главный храм во имя Святителя Христова Николая Мирликийского Чудотворца освящен 9 мая 1857 года, а в приделах – в честь иконы Тихвинской Божьей Матери освящен 1 ноября 1870 года, в честь Архистратига Божия Михаила освящен 7 ноября 1871 года. «В 1857 году возобновлен и благолепно украшен храм усердием почетных его прихожан пермских купцов – братьев Каменских».
В 1936 году церковь была закрыта. Во время войны рухнули оба боковых придела. Окончательно разобрали Никольскую церковь только в 1950 годы. Кирпичи пошли на строительство Дома культуры в поселке Первомайский.
Совсем недавно в Верхних Муллах была поднята главка с крестом над шатром нового храма-часовни, освящённого в честь Святителя Николая Чудотворца. Церковь построена на месте, где раньше возвышался прекрасный храм Николая Угодника, разрушенный в 1950 году.