Важеозерская обитель была основана учениками преподобного Александра Свирского преподобными Геннадием и Никифором. Старец Геннадий первым поселился на берегу озера Важе около 1500 года в небольшой пещерке. «Пищею для него было былие, а ложем земля». За свои подвиги он сподобился великих Даров Божиих, чудес и исцелений еще при жизни. Преставился преподобный Геннадий около 1516 года, монастыря так и не основав, но освятив своими подвигами это место и приготовив его к приходу другого сподвижника и ученика святого Александра Свирского – преподобного Никифора.
В 1520 году преподобным Никифором и пришедшими с ним насельниками Свирского монастыря на берегу Важеозера была возведена деревянная Преображенская церковь и поставлены несколько келий. Так был создан Важеозерский Спасо-Преображенский монастырь, первым игуменом которого и стал преподобный Никифор, бывший им до своей кончины, последовавшей 9 февраля 1557 года.
По жалованной грамоте царя Иоанна Васильевича Грозного на землевладения, обитель получила «на все четыре стороны по версте, опричь мхов и болот и глыб». Этой же грамотой повелевалось, чтобы монахи «лес разчищали, и пашню к монастырю своему пахали сами своими руками, а не наймом и без подмоги; а деревень бы есте и починков на том лесу не ставили, и крестьян бы есте на тот лес не призывали, и из найму бы есте того лесу и пашни пахати однолично не давали никому». Таким образом, монастырю запрещалось владеть деревнями, крестьянами, нанимать рабочих, а все работы должны были выполняться самими монахами.
После смерти преподобного Никифора настоятелем монастыря стал игумен Дорофей. При нем над могилами преподобных основателей была поставлена часовня. Несчастье, постигшее в начале XVII века русскую землю, когда на Руси было смутное время, разразилось и над Никифоровской пустынью. Толпы шведов вторглись сюда, разграбили, опустошили пустынь: все имущество ее разграбили или уничтожили, иноков разогнали, часть перебили вместе с игуменом Дорофеем, семь, а по другим памятникам — двадцать человек братии. Отшельники не оказывали сопротивления грабителям. В последствии могилы страстотерпцев долгое время были местом паломничества. После разорения обитель долгое время не могла подняться из пепла. Из писцовых книг 1618, 1619 и 1623 годов видно, что братия была крайне мала:
«священник черный Феодосий, келарь Феодорит и старцы Ефрем, Тарасий, Арсений и Иона», а «приходу у них в том монастыре не было и книг нет, потому что после немецкаго разорения монастырь был пуст и старцы скитались между двор».
В 1640 году настоятелем в монастыре был игумен Антоний, пожертвовавший в монастырь довольно ценное Евангелие и построивший келью на свои деньги; кроме того келарь, казначей, 4 старца и 6 служек. Но состояние обители все еще было бедное. Например, в описи 1640 года значится, что тогда были «две только ризы полотняные и стихарь полотняный с крашенинным оплечьем. Одежды для престола были крашенинные ветхие».
После игумена Антония строителем монастыря стал старец Варлаам, а в 1680 году его сменил старец Савватий, в связи с чем монастырскому имуществу была составлена новая опись. Из этой описи видно, что и утварь церковная и другое имущество монастырское, а также скотоводство значительно умножились и улучшились. Число иноков и рабочих к этому времени увеличилось до 22 человек. Еще в лучшем положении находим обитель в 1685 и 1697 годах. Утварь церковная и имущество монастырское были в то время уже безбедные и довольно ценные.
Также в писцовых книгах 1680 и 1685 годов упоминается о веригах чудотворца Геннадия, хранившихся в часовне св.вмч. Никиты. В книгах 1697 года упоминается о двух грамотах государя царя Петра Алексеевича и брата его великого государя Иоанна Алексеевича, одна о дарованной монастырю пахотной земли и пороге Сиговце и о разрешении рыбной ловли, а другая о спуске в пороги корбасов. По тем же документам известно, что в последние 15 лет XVII столетия строителями были: Ферапонт, Николай, Макарий, Варлаам и Сергий.
Время от 1701 года по 1764 год отмечено мероприятиями правительства Российской империи по секуляризации церковного имущества. В связи с этими мероприятиями Никифоровская пустынь в июле 1723 года была приписана к Сяндемской пустыне. В 1764 году пустынь была совсем закрыта, а церковь ее была обращена в приходскую, с припиской к Коткозерскому приходу. В описании Александро-Свирского монастыря сказано, что до штатов 1764 года за этим монастырем была приписною вместе с другими монастырями и Важеозерская или Задне-Никифоровская пустынь.
В 1800 году Важеозерская обитель вторично была приписана к Александро-Свирскому монастырю и состояла за ним до 1846 года. В ней тогда постоянно жили один иеромонах, один иеродиакон, три монаха из Александро-Свирского монастыря и несколько богорадников.
В 1803 году в Задне-Никифоровской пустыни было два храма:
1. Преображения Господня. Деревянная, холодная, крыта тесом, «глава обита чешуею», «состоит в твердости»;
2. Благовещения Пресвятой Богородицы. Деревянная, теплая, крыта тесом, «глава обита чешуею», «находится в твердости, точию крыша весьма ветхая».
С 1830 года в пустыни с тремя своими учениками поселяется афонский постриженик старец о. Исаия, в миру Иоанн Софронов. С его появлением Важеозерская обитель начала возрождаться и в 1840 году, когда число насельников возросло до 15 человек, старец Исаия обратился с прошением к Обер-Прокурору Священного Синода графу Николаю Александровичу Протасову с просьбой о возвращении пустыни самостоятельности. И вот, «1846 года марта 6 дня Олонецкая Консистория по выслушивании указа из Святейшаго Синода от 6 февраля 1846 года за № 360 об оставлении приписанную к Александро-Свирскому второклассному монастырю Задне-Никифоровскую пустынь самостоятельною, с существующим в оной настоятельством строительским и с семью монашескими вакансиями, на правах общежития приказали: оный указ записать и принять к исполнению».
Но в благоустроенном виде обитель просуществовала недолго. 25 июля 1885 года монастырь постигло несчастье: страшный пожар, начавшийся при сильном ветре, в самое короткое время уничтожил все строения пустыни, кроме деревянной часовни св. великомученика Никиты над кладезем, под горою – у самого озера, и риги, да обгоревших каменных стен церкви Всех Святых и небольшого дома у входных ворот. После пожара все проживавшие в пустыни богорадники должны были разойтись, а братия была размещена частью по другим обителям епархии, а частью – в уцелевшей риге. В пустыни остались только управляющий иеромонах Вениамин и трое священнослужителей, для совершения богослужений в уцелевшей часовне странникам и другим посетителям святого места, для приведения в порядок монастырских дел и охраны оставшегося имущества.
Очевидно, велико было ходатайство и заступление Святых небесных покровителей обители – прпп. Геннадия и Никифора, потому что спустя полгода после пожара каменная церковь Всех Святых, усердием и трудами настоятеля о. Вениамина с братиею, была восстановлена и 6 февраля 1886 года освящена. На восстановление обители дал свое благословение и был первым щедрым жертвователем св. прав. Иоанн Кронштадтский, неоднократно посещавший эти места. Уже 19 июня 1892 года святым прав. Иоанном Кронштадтским был освящен восстановленный Преображенский храм. В 1894 году трудами братии во главе с иеромонахом Антонием в каменной церкви во имя Всех Святых была закончена стенная живопись. Храм украшал великолепный четырехъярусный иконостас с золоченой резьбой и резными колоннами. Но настоящим украшением храма была сделанная в виде гробницы, изукрашенная снаружи бронзовыми и золочеными рельефными головками херувимов, металлическая посеребренная рака, стоявшая над местом захоронения прпп. Геннадия и Никифора. С передней стороны ее была гравированная в золоченом венке надпись:
«Св. рака сооружена в благоверное царствование Императора Александра III, Преосвященнаго Павла Епископа Олонецкаго и Петрозаводскаго, настоятелем Вениамином, сотрудником иером. Геннадия, на пожертвования благотворителей; освящена о. протоиереем Кронштадтского Андреевского собора Иоанном Ильичем Сергиевым 1892 года».
Каждый воскресный и праздничный день перед этой ракой совершались братские молебные пения.
В мае 1896 года была начата постройка обширной каменной стены со Святыми Вратами и надвратной церковью во имя преп. Иоанна Рыльского, ангельское имя которого носил о. Иоанн Кронштадтский.
Из книги В.В. Зверинского » О православных монастырях в Российской империи» том 1,2,3: Задне-Никифоровская-Спасская-Вашезерская, мужская пустынь, заштатная, Олонецкой губ. и yезда, в 62 верстах к сев.-вост. от Олонца, при озере Важе, среди лесов. Основана в первой половине XVI ст. учеником Александра-Свирскаго, преп. Никифором и сотрудником его Геннадием. В 1764 году упразднена н обращена в приходскую Коткозерскаго прихода;
в 1 800 году приписана к Александре-Свирскому монастырю. и в 1846 году обращена в самостоятельную. Близь пустыни в пещере, устроенной в горе, почивают мощи основателей, коим память чтится ежегодно 9 февраля.
Из книги Л.И. Денисова «Православные монастыри Российской Империи. Полный список»:
Задне-Никифоровская нештатная общежительная мужская пустынь в 57 в. от у. г. Олонца, при озере Важе. Основана в первой пoлoвине XVI столетия учеником преп. Александра Свирскаго преп. Никифором и его сподвижником Геннадием:
в 1786 году упразднена и обращена в приходскую церковь;
в 1800 году причислена к Александро-Свирскому монастырю;
в 1846 году стала самостоятельною. Пустынь владеет 382 дес. земли. Игумен. Монахов 25. послушников 15.
Из книги П.П. Сойкина «Православныя русскія обители»:
Задне-Никифоровская пустынь, въ Олонецком уезде,находится в 57 вер. от г. Олонца, на берегу озера Важе. Со всех сторон она окружена густыми вековыми лесами, которые придают ей уединенный, суровый вид. Основана пустынь в первой половине XVI столетия учеником преп. Александра Свирскаго преп. Никифором и сотрудником его преп. Геннадием. Не владея достаточными материальнымя средствами, обитель пришла в упадок и в 1764 году была закрыта и обращена в приход, приписанный к Александро-Свирскому монастырю. В 1846 году ей вновь была возвращена самостоятельность. Управляет немногочисленной братией игумен. В пустыни два храма: во имя Всех Святых, в котором почивают под спудом мощи препп. Никифора и Геннадия, и второй храм в честь Преображения Господня. В Петербурге за Невской Заставой имеется подворье пустыни с храмом.
После революции 1917 года монастырская жизнь прервалась. В 1918 году на землях Задне-Никифоровской пустыни возникла монашеская коммуна, заведующим которой стал казначей пустыни монах Стефан. В ноябре 1920 года хозяйство Задне-Никифоровской пустыни перешло в ведение уездного отдела образования, организовавшего здесь совхоз и при нем детскую колонию имени Зиновьева. В колонии жило 32 несовершеннолетних подростка, которые трудились в хозяйстве. Пяти монахам, по свидетельству которых в новых условиях хозяйство упало, разрешили остаться при закрытой обители в качестве работников; они занимали лишь одно небольшое помещение. Богослужения совершались в одном храме, другой был передан колонии под организацию театра. В 1922 году земли монастыря взяла в аренду артель финских эмигрантов «Райвая», члены которой выступали за окончательное выселение монахов; последние добивались разрешения жить в доме у монастырской ограды, владеть храмами и иметь небольшой участок земли для обеспечения себя продуктами.
В 1922 году или 1923 году, во время массовых репрессий монашествующих, иноки Важеозерской обители были расстреляны на территории монастыря. В 1935 году пустынь была разорена, иконы, служебные книги и монастырские архивы, погост, братский корпус, монастырская стена были уничтожены. На территории монастыря началось строительство Интерпоселка. Храм Всех Святых использовался как кинозал и столовая, в Преображенском храме был спортзал. Колокольня была снесена, а храмы обезглавлены. Кладбище монашествующих снесено и часть участка использовалось как отхожее место. После 1945 года в стенах бывшей обители расположились колония для несовершеннолетних и психиатрическая больница.
Возрождение обители началось в 1991 году, тогда монастырю был возвращен юридический статус. Монастырь был возрождён как женский. Были восстановлены Преображенский храм, колокольня, каменный зимний храм Всех Святых и надвратная церковь прп. Иоанна Рыльского. С ноября 2000 года монастырь преобразован в мужской. В 2000 году в Важеозерский мужской монастырь были перенесены мощи блаженного инока Владимира, чудотворца, постриженника Важеозерской пустыни, 30 ноября епископом Выборгским Назарием благочинному Важеозерского Спасо-Преображенского монастыря иеромонаху Иоанну был передан мощевик с частицами мощей святого благоверного князя Александра Невского.
