Превосходный образец неовизантийского стиля был создан в 1889 — 1898 годах по проекту гражданских инженеров Вас. А. Косякова и Д. К. Пруссака. Большое каменное пятиглавое здание храма было построено по заказу Морского ведомства в память коронования императора Александра III и императрицы Марии Фёдоровны. Главный купол храма царственно возносится в небо на световом арочном барабане, словно подпираемом снизу четырьмя традиционными малыми полукуполами. Над западным входом устроена небольшая легкая звонница, купол которой прежде увенчивала золоченая корона. В храме было 18 больших окон в стенах и 57 окон в подкупольных барабанах. Высота церкви от поверхности земли до подножия креста на главном куполе достигала более 42 метров. Храм был торжественно освящен 25 октября 1898 года епископом Ямбургским в сослужении с протоиереем Иоанном Кронштадтским. Несколько ранее, 15 декабря 1896 года, был освящен левый придел храма, к тому времени ещё окончательно не достроенного, во имя Святого Андрея Критского и Святого Пророка Осии. 28 марта 1900 года митрополитом Антонием был освящен и правый придел во имя Преподобного Сергия Радонежского и Святого Феодосия Черниговского. При церкви было образовано благотворительное общество, а также открыты школа для сирот, детский приют и богадельня. Храм славился прекрасной внутренней отделкой — она вся была погублена при оборудовании в нем камеры для обучения моряков-водолазов. В июне 1932 года храм был закрыт и передан учебному отряду подводного плавания.
В 2000 году, после аварии АПЛ «Курск» церковь отказалась от претензий на возвращение здания храма Милующей Божией Матери, сочтя использование его уникальных возможностей для тренировки водолазов-спасателей богоугодным.
Церковь Милующей иконы Божией Матери на Васильевском острове, ранее принадлежавшая Министерству обороны, окончательно перейдет в ведение Санкт-Петербургской епархии РПЦ. Церемония передачи символического ключа от храма состоялась 19.12.2012. Церковь на Большом проспекте Васильевского острова, д.100, была возведена в конце XIX века по заказу Морского ведомства в Галерной гавани в память о короновании Александра III и Марии Федоровны.
В 1932 году храм был закрыт и отдан учебному отряду подводного плавания. В настоящий момент церковь входит в комплекс филиала межвидового учебного центра Западного военного округа.
Приход и настоятеля храм получил в 2006 году, однако полностью в ведение церковных властей здание перейдет лишь сейчас. В ближайшее время церковь ждет реконструкция. Помимо этого, на ее базе должен быть создан первый в России духовный центр вооруженных сил и правоохранительных учреждений Санкт-Петербургской епархии.
Интернет-газета «Карповка» 19.12.2012