Теплая (из бруса) церковь во имя митрополита Московского Филиппа появилась в монастыре уже вскоре после его основания. Тогда она находилась, согласно сохранившимся документам, в северо-восточной части монастыря. К церкви вплотную примыкала — деревянная же — братская трапезная.
Столь раннее появление в обители церкви во имя святителя Филиппа связано с тем незримым участием, которое он принял в устройстве монастыря. Известно, что во время перенесения мощей митрополита Московского, убитого по приказу Ивана Грозного, из Соловецкого монастыря в Москву, он явился в сонном видении Патриарху Никону, благословив его на устроение монастыря на Валдае. С тех пор Патриарх не мог не считать митрополита Филиппа покровителем Иверской обители.
Впоследствии, должно быть, Патриарха Никона не раз посещали мысли о некотором сходстве собственной судьбы с судьбой митрополита-мученика. Времена уже изменились, и православный царь не мог подослать убийцу к Первосвятителю — пусть и низложенному. Но горькую чашу опалы Никону все же пришлось испить до дна.
В Валдайском монастыре святителя Филиппа всегда почитали особо.Когда деревянная Филипповская церковь пришла в негодность, ее разобрали. После этого (в последней четверти XVII века) началось возведение церкви во имя свт. Филиппа на первых (внешних) вратах. Там же она находится и по сей день.
Как и все постройки монастыря, Филипповский храм был передан Церкви в полуразрушенном состоянии. Не так давно в нем закончилась реставрация, и теперь с парусов, заполняющих пространство меду подпружными арками, на вошедшего вновь смотрят четыре евангелиста.
Снаружи небольшой однокупольный, выкрашенный в красный с белым цвета храм выглядит очень приветливо, что немаловажно: ведь именно он первым встречает прибывающих в монастырь гостей и паломников. Над воротами помещена Иверская икона Божией Матери, а сами ворота украшены сценами, иллюстрирующими «Сказание о чудотворной иконе Божией Матери Иверской».
Надвратная церковь свт. Филиппа расположена в западном прясле монастырской стены ансамбля Валдайского Иверского монастыря. Церковь построена в 1873-1874 гг. по проекту инженера-архитектора Савельева на месте разобранного храма XVIII в., представляет собой одноглавую надвратную постройку с одной проездной аркой. Здание двухэтажное кирпичное, с жесткой конструктивной схемой (расстояние между поперечными стенами менее 24 м). С южной стороны к церкви примыкает корпус Гостиных келий, с северной стороны – Конюшенные кельи.
Фундаменты ленточные, из валунов и булыжников на известково-песчаном растворе; цоколь облицованный гранитными плитами. Стены из полнотелого глиняного кирпича на известково-песчаном растворе. Первый корпус основного объема второго яруса перекрыт тремя цилиндрическими сводами; южное и северное междуэтажные перекрытия – по деревянным балкам; основной объем второго яруса перекрыт купольным сводом со световым барабаном, в южном и северном крыльях здания чердачные перекрытия – плоские по деревянным балкам. Крыша над основным объемом церкви – восьмискатная с куполообразным переходом к барабану; крыша над крыльями – двускатная с вальмами.Главка – восьмигранная. В основном объеме II яруса действующая церковь, северное крыло используется как лестничная клетка, в южном крыле на первом этаже – церковная лавка.
В 2006 году, по фотографии нач. XIX в., изменена формы главы.