Началом истории православного прихода села Усть-Кан можно считать 1875 г. Из ведомости «О самостоятельной церкви Томской Епархии Бийского уезда села Усть-Канского Алтайской Миссии во имя Святителя и Чудотворца Николая за 1902 г.» находим : «Означенная церковь заложена в 1873 году, освящена 16 июня (ст. стиль) 1875 года начальником Алтайской Миссии Архимандритом Владимиром. Плана нет. Зданием деревянная, с таковою же колокольнею. Престол в ней один во имя Святителя и Чудотворца Николая». Эту церковь на собственные средства построил русский купец Тимофей Евграфович Мокин. 1875 г. считается годом основания села Усть-Кан. Построенная церковь вошла в состав Черно-Ануйского Отделения, и, вероятнее всего, окормлялась священниками из Черного Ануя вплоть до 1902 г. Возможно, первым настоятелем ее стал иеромонах Тихон, назначенный заведующим Черно-Ануйским отделением 6 апреля 1875 г.
15 марта 1889 г. в Усть-Кане открывается миссионерская церковно-приходская школа в собственном здании, с квартирою для учителя. Построена все тем же купцом Т.Е. Мокиным. Из приложения к Отчету за 2-е полугодие 1918-1919 гг. о школе находим следующие сведения: «Школа 1-классная смешанная. Помещение собственное. Здание одноэтажное, деревянное, сухое, специально построенное под школу. Помещается в середине селения, на равнине, на сухом грунте, вблизи есть лес и река». Учителем при школе в 1902 г. состоял Тимофей Ангаков, с 1906 по 1916 гг. учителем был Д. Белоусов. В 1902 г. Усть-Канская церковь встречала храмовую икону Святителя Николая, написанную на Афоне.
С 1902 г. Усть-Канская церковь становится самостоятельной. Об этом свидетельствует Ведомость за 1902 г.: «Причт состоит из священника и дьякона на должности псаломщика. Копии с метрических книг ведутся с сего 1902 г., хранятся в церковном архиве в целости; запись же крестившихся, бракосочетавшихся и умерших до 1902 г. велась в метрических книгах Черно-Ануйской Церкви. Исповедная роспись ведется с сего 1902 г., до которого прихожане записывались в исповедных росписях Черно-Ануйской церкви». Из этого следует, что до 1902 г. Усть-Канская церковь была приписной к Черно-Ануйской церкви. Первым священником уже самостоятельной церкви был Лука Кумандин, а дьяконом на должности псаломщика Тимофей Ангаков. В 1907 г. настоятелем назначен священник Макарий Абышкин. До революции священниками в Усть-Кане также были Прокопий Тыдыков и Василий Апанаев.
В советское время церковь была разрушена. Из ее бревен была построена авиакасса Усть-Канского аэропорта в районе с. Озерное (до ныне не сохранилась).
История Прихода в постсоветское время начинается с того, что несколько человек стали собираться для молитвы в доме Екатерины Александровны Софроновой по адресу пер. Ленинский, 15. Это был 1991 г. Затем 7 мая 1992 г. впервые приехал священник — о.Ростислав Киращук, он при большом стечении народа провел беседу о Православии в клубе и 2 дня крестил и причащал народ. Впоследствии прихожане стали собираться в красном уголке коммунальщиков, затем выпросили маленькую избушку на территории коммунального хозяйства и стали молиться там. В 1993 г. прихожане, а именно Виктор Степанович Казанцев и Елена Нестеровна Карбышева, купили дом для церкви по адресу: пер. 2-й Тугамбаева, 6. В 1993 г. 18 октября о. Андреем Суховским там была отслужена первая Литургия и проведено учредительное собрание, на котором постановили учредить православный приход церкви Святителя Николая. В этом здании прихожане молились до декабря 1996 г.
С января 1997 г. стали служить в другом здании в центре села (бывшый детский сад), которое 26 декабря 1996 г. по просьбам прихожан было передано безвозмездно. В этом здании до сего дня размещается Никольская церковь.
6 ноября 2006 г. Епископ Барнаульский и Алтайский Максим освятил начало строительства нового храма.
http://ustkan-cerkov.cerkov.ru/istoriya/