В 1903 году газета «Кавказские Минеральные Воды», издававшаяся в Пятигорске, опубликовала сообщение о желании монахов со Старого Афона устроить монашескую обитель близ Пятигорска. Местные власти отнеслись к этому благосклонно. Так в Пятигорском лесничестве, на юго-западном склоне горы Бештау, в квартале № 33, был отведен участок под монастырь во имя Успения Пресвятой Богородицы. На этой территории было два источника пресной воды, один из которых назывался Благодатным. Воду из него Управление Кавминвод предполагало использовать при устройстве водопровода в Железноводск, но затем право пользования им передало монахам. На ферме же вначале появилось 30 коров и телят. Вскоре по предложению В.В. Хвощинского составили план участка земли, отведенного под монастырь. 2 мая 1904 года место под устройство будущего Успенского храма освятил настоятель пятигорского Спасского собора протоиерей Михаил Закхеев. На это событие у подножия Бештау собралось около 400 тысяч человек. Отец Михаил сказал: «Православные христиане! Афонские иноки находятся у Царицы Небесной под особым покровительством. Эти иноки поселяются теперь около нас; значит, и мы будем находиться под этим же покровом Царицы Небесной».
Под горой Бештау начались строительные работы. Одновременно с храмом возводился и трехэтажный корпус братских келий с гостиницей, а вплотную к храму — дом ля помещения настоятеля, сторожей, старшей братии, трапезной и кухни. На строительство ушло 26 тысяч рублей. Пока велись работы, иеромонах Иоанн и его помощники разместились в землянках, вырытых здесь же, в горе. К осени 1904 года все необходимые постройки были закончены. Первый монастырский храм освятили во имя Успения Пресвятой Богородицы. Его средняя часть и стены алтаря были каменные, притвор турлучный, верхнюю часть храма соорудили из дерева. Над притвором помещалась канцелярия монастыря, под притвором устроили трапезную. С северной стороны к нему примыкал двухэтажный корпус, верхний этаж которого был деревянный. Нижний этаж разделялся коридором, по его сторонам устроили келии настоятеля, благочинного, экклесиарха, ризничего и комнаты для гостей. В подвале этого же корпуса находилась кухня. Несмотря на внешне скромный вид, Успенский храм монастыря мог вместить одновременно до 500 человек. Он отличался благолепием, благоустройством и достатком церковной утвари и облачений. Торжества по поводу освящение храма начались 28 ноября 1904 года в 9 часов утра.
В ночь с 9-го на 10-е января 1906 года небольшой деревянный храм сильно пострадал от вспыхнувшего пожара (по причине неисправных печей). Огонь повредил купол храма, пол церкви, притвор и потолок трапезной. Милостью Божией св. иконы из иконостаса уцелели, хотя при этом основа иконостаса сгорела. В одну ночь монастырь потерял почти все свое достояние, а главное, лишился возможности совершать Литургию. Богослужение после пожара совершалось в странноприимной комнате.
Не обошли стороной Второ-Афонскую обитель и революционные бесчинства 1905-1907 годов. Ночью 23 сентября 1905 года около 10 человек «борцов за свободу» с ружьями и револьверами ворвались в монастырь. Злоумышленники пытались проникнуть в настоятельскую келию и убили келейника настоятеля послушника Дмитрия Лихолетова, выскочившего из соседней келии на защиту. Сбежавшаяся на крик находившегося здесь же монаха Досифея и выстрелы монастырская братия с рабочими бросились на нападавших злоумышленников. Церковный сторож выскочил через разбитое им же окно в церкви и начал стучать, и кричать, и тем не допустил злодеев войти в храм Божий. Один из послушников выскочил во двор и начал звонить в набат. Злодеи открыли ружейный огонь и убежали из монастыря. Преследовать их в темноте ночи никто не решился. Убитый послушник Дмитрий 18-ти лет происходил из крестьян Саратовской губернии, Камышинского уезда, местечка Красный Яр. Он стал одним из первых российских страстотерпцев XX столетия.
С наступлением весны 1906 годы было начато строительство нового храма. К августу месяцу новый храм был готов и 15 числа в храмовый праздник Успения Богоматери освящен Преосвященным Епископом Гедеоном. Освящение этого второго храма было совершено так же торжественно, как и первого. Богомольцев собралось до четырех тысяч человек. Великий князь Дмитрий Константинович поздравил братию монастыря телеграммой. Таким образом, обитель снова приобрела благолепный храм, в котором было возобновлено приношение Безкровной Жертвы. С каждым годом увеличивалось число паломников в монастырь, а также отдыхающих на Кавказских Минеральных Водах. В 1914 году их было более 20 тысяч. Всех их привлекала не только красота этого райского уголка, но и строгая молитвенная сосредоточенность братии, неукоснительно выполнявших Афонский устав.
В первые годы советской власти Второ-Афонский Успенский мужской монастырь продолжал вести иноческую жизнь. Скрытый в горах, он некоторое время не привлекал внимания безбожных властей. Страну начало захлестывать обновленческое движение, докатившееся и до Кавказских Минеральных Вод. В то время обновленцы, стоявшие за «социальную революцию», захватили большинство окрестных церквей. В 1927 году большевики закрыли обитель, братия ушла в горы, где в глухих местах строила кельи и часовни. Однако на следующий год произошло небывалое. Протесты и возмущение народа достигли такого накала, что братия вновь получила возможность вернуться в монастырские строения, однако ненадолго. В начале 1929 года началась новая волна гонений. За подписью секретаря ЦК Кагановича на места пришла директива о массовом закрытии храмов и монастырей. В выполнении директивы особо усердствовал вождь воинствующих безбожников Е. Ярославский (Губельман). Тогда окончательно был закрыт и монастырь на Бештау. Войска ОГПУ-НКВД начали прочесывать окрестности городов Кавказских Минеральных Вод, ущелья Кавказских гор. Скрывающихся монахов находили и арестовывали. В эти годы с Кавказа в тюрьмы Новороссийска и Тифлиса, а затем в бесчисленные лагеря ГУЛАГа было отправлено около 10 000 монашествующих. После закрытия монастыря в перестроенных помещениях был создан санаторий ГПУ. В 30-е годы здесь обосновалось Общество пролетарского туризма. Перед самой войной строения монастыря были отданы под детдом для испанских детей, большинство из которых в период оккупации края гитлеровцами было уничтожено. С изгнанием оккупантов с Кавказских минеральных Вод полуразрушенные строения монастыря оказались заброшенными, и к концу XX века полностью разрушились. Лишь старый полноводный родник Благодатный по-прежнему бил упругой струей.
В 1997 году на месте монастыря был установлен поклонный Крест в знак начала возрождения обители. Первыми строителями стали пятигорские казаки, возглавляемые атаманом Михаилом Инкавцевым, которые поселились здесь в палатках и вагончике. Они подготовили все необходимое для начала строительства храма. Расчистили место, подготовили котлован для фундамента.
21 июня 1999 года стал историческим днем для Второ-Афонского монастыря, когда был совершен чин закладки первого храма обители, который возглавил благочинный церквей Кавказских Минеральных Вод протоиерей Иоанн Знаменский в сослужении 12 священников. На молебне был прочитан акафист Успению Божией Матери. Храм в труднодоступном месте, где отсутствовали свет и вода, был построен в течение двух лет. Иначе как чудом Божиим это строительство не назовешь. День освящения храма, состоявшегося 28 августа 2001 года, стал днем открытия Второ-Афонского монастыря. Митрополит Гедеон освятил храм в честь св. великомученика и Победоносца Георгия в сослужении сонма кавказского духовенства и при стечении множества богомольцев со всего Северного Кавказа.
В настоящее время монастырь действующий. В монастырском храме богослужения совершаются каждый день.
Возрастает число насельников обители. Совершенствуются формы социального служения.