В 1804 году митрополит Гавриил, находясь в Одессе, познакомился с молдавским дворянином Александром Теутулом, владения которого, состоявшие из двух участков по 25 десятин, находились на берегу моря, в районе Большого Фонтана. Александр Теутула неоднократно заверял митрополита о своем желании построить здесь церковь и маяк. И в 1814 году Теутул подал митрополиту Гавриилу письменное свидетельство о том, что его фонтанское поместье передается Кишиневской митрополии. Интересна и трагична история щедрого пожертвования. Однажды Александр Теутул в вечернее время на высоком берегу моря развел костры. Греческое судно, шедшее в Одессу, приняло огни за маяк, взяло неверный курс и разбилось. При этом погибли несколько человек. Александр Теутул был очень опечален происшедшим несчастьем. Видя в этом связь со своим неисполненным доселе обетом, Теутул одарил оставшихся в живых моряков и пожертвовал свое фонтанское поместье Церкви для устройства на этой земле храма и маяка в предупреждение подобных несчастных случаев. Митрополит Гавриил направил письмо одесскому губернатору Дюку де-Ришелье, и разрешение на совершение купчей крепости на пожертвованную землю вскоре было получено.
В 1837 году монастырю принадлежало уже больше 158 десятин земли, что составляло 173 гектаров. Во второй половине XIX века земельные угодья монастыря увеличились. К 1910 году угодья монастыря состояли из 356 десятин, что составляло почти 390 га. В настоящее время монастырю принадлежит лишь не многим более 6 гектаров земли. В Крымскую войну 1853–1856 годов братия Свято-Успенского Одесского монастыря подъяла на себя молитвенный подвиг, моля Господа Бога, Заступницу рода христианского и Покровительницу монашествующих Пресвятую Богородицу об отражении “нашествия иноплеменников”, о даровании мира, о сохранении веры православной и спасении душ.
В XIX столетии Одесса становится довольно крупным городом. Во многом это объясняется и тем, что через Одессу пролегал путь паломников на православный Восток: во Святую Землю и на Святую Гору Афон. Одессу называли «вратами Иерусалима». Здесь располагались подворья афонских монастырей: Пантелеимоновского, Андреевского, Ильинского. По этому обстоятельству Свято-Успенский Одесский монастырь имел довольно большое значение для православных паломников, для жизни города и всего юга России. Жизнь монастыря оказывала благодатное воздействие на духовное и историко-культурное развитие Причерноморья.
До 1922 года лампада монашеской жизни в Свято-Успенской Одесской обители еще светилась. После закрытия Свято-Успенского монастыря богоборцами в 1922 году, мятежный ветер гражданской войны и смутного времени рассеял насельников монастыря по всему лицу страждущей Русской земли. В 1944 году началось возрождение монастыря. В 1946 году Свято-Успенский монастырь впервые посетил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий I. С этого времени в монастыре была устроена летняя резиденция Патриарха, который стал ежегодно на несколько месяцев приезжать в обитель. В связи с этим Свято-Успенский Одесский мужской монастырь стали именовать Патриаршим.
В 1988 году, в год 1000-летия Крещения Руси, над Свято-Никольской церковью был сооружен шлемовидный купол и перестроена колокольня.
Настоящего расцвета достигла обитель при вступлении на Одесскую кафедру Высокопреосвященнейшего Агафангела, митрополита Одесского и Измаильского, который неустанно трудится над благоукрашением монастыря. Его молитвами и усердием построены новый великолепный собор в честь иконы Божией Матери «Живоносный Источник», колокольня с надвратным храмом в честь св. князей-страстотерпцев Бориса и Глеба, ставшая шедевром одесской архитектуры.
В 1964 году в Одесском монастыре окончил свой земной путь бывший афонский монах, известный во всей стране старец святой жизни схиигумен Кукша Величко. Известен он был и своим многолетним исповедническим подвигом за веру. За его подвижническую жизнь Господь прославил его дарами: молитвы, прозорливости и чудотворений.
В 2006 году на монастырском кладбище была сооружена деревянная часовня в честь св. мучениц Веры, Надежды, Любви и матери их Софии, куда было перемещено чтение неусыпаемой псалтири за живых и умерших.
