Кирпичная соборная церковь, построенная в 1681 г. игуменом Лаврентием. Храм состоит из двухсветного четверика с бесстолпным перекрытием, завершённого пятиглавием. Алтарь крупный полукруглый (первоначально состоял из двух апсид), с западной стороны примыкают паперть и крыльцо. С севера — небольшой протяжённый придел Феодора Стратилата и преп. Аркадия. Паперть храма имеет вставки из полихромных изразцов. Главы первоначально были покрыты поливной черепицей.
Церковь отреставрирована в 1970-х гг. В 1997 г. возвращена монастырю.
Соборная церковь каменная, прочная, летняя, однопрестольная — во имя усекновения главы св. пророка Предтечи и крестителя Господня Иоанна, с приделом с северной стороны во имя вмч. Федора Стратилата и препод. Аркадия. Построена в 1681 г. 29 августа.
«Краткие сведения о монастырях и церквах Ярославской епархии», Ярославль, типография губернской земской управы, 1908 г.
Рядом с жемчужиной Угличской архитектуры вознесла свои зелёные лемеховые главки не менее интересная церковь. Это стоящий по соседству с Дивной Успенской церковью храм Усекновения Главы Иоанна Предтечи, построенный вместе с ассиметричным приделом Феодора Стратилата в 1681 году. Он является самым первым бесстолпным храмом Углича. Церковь увенчана пятиглавием, причём каждая из глав довольно крупная, хотя и покоится на относительно тонком барабане. Главы первоначально были покрыты поливной черепицей.
Первое, что бросается в глаза при осмотре храма — широкий и массивный основной объём традиционной кубической формы и его сочетание с очень большой, явно непропорциональной всему зданию апсидой (первоначально состояла из двух апсид). Большие массы всегда порождают ощущение тяжести и нарочитой приземлённости архитектурного объекта, которые в случае с Предтеченским Божиим домом вдобавок усиливаются широкой трапезной. С западной стороны примыкают паперть и крыльцо, с севера — небольшой протяжённый придел Феодора Стратилата. Абсолютным контрастом этому храму кажется высящаяся рядом стройная трезубая «корона» Успенской церкви. К тому же, несмотря на внешнюю массивность конструкции, церковь Иоанна Предтечи сравнительно невелика.
Здание этого храма специалисты относят к типичным образцам верхневолжской архитектурной школы и нередко сравнивают с аналогичными по времени ярославскими церквями. В декоративном оформлении фасадов использованы наличники с кокошниками килевидной формы, а также оригинальные полихромные изразцы, в изготовлении которых тогдашние мастера из Ярославля достигли высочайшего мастерства. Именно здесь в своё время были созданы оригинальные цветовые гаммы и замысловатые узоры для глазурованного кирпича, происхождение которых историки связывают с орнаментами богатых восточных ковров, привозимых торговцами по Волге из Азии. Изразцовое убранство Предтеченской церкви считается одним из красивейших среди угличских храмов. В этой церкви сохранились и уникальные росписи, созданные художественной артелью во главе с потомственным угличским иконописцем Дмитрием Григорьевичем Бурениным в 1845 году. В этот период храм активно перестраивали, в частности, преобразилась паперть, западная сторона которой ещё сохраняет фрагменты прежнего оригинального внутреннего декора.
В 1930-х годах монастырь был закрыт, часть его зданий передана под жильё, храмы использовались в хозяйственных целях, позже стояли в запустении. Церкви бывшей обители отреставрированы к 1970-м годам. Храм Усекновения главы Иоанна Предтечи передан РПЦ в 1997 году. Последняя реставрация Иоанновского храма происходила в 2010-х годах.
Из журнала: «Православные Храмы. Путешествие по святым местам». Выпуск №360, ООО «Де Агостини», 2019