Семинария в Уфе была открыта по определению Святейшего Синода от 25 июня 1800 года и до 1865 года именовалась Оренбургской (по названию епархии). При разделении Оренбургской епархии на Оренбургскую и Уфимскую, семинария получила наименование Уфимской. При семинарии в 1804 году был открыт сиротский дом, функционировала церковь во имя св. Иоанна Златоуста (освящена в 1844 году). В Духовной семинарии изучали классические славяно-греко-латинское церковное красноречия, медицину, рисование (с 1804 г.), французский и немецкий языки (с 1808 г.). В 1840 году введены курсы: богословия, учение о вероисповеданиях и расколе, Священное Писание, герменевтика, православное исповедание, патистика, Библейская история Христианской Церкви — общая и русская, история, археология, церковное каноническое право, учение о богослужебных книгах, пасхалия; уроки логики, психологии, риторики, поэзии, физики, алгебры, еврейский, татарский, чувашский языки и др. В 1898 году в семинарии училось 181 учеников. Первоначально семинария размещалась в деревянном здании на улице Фроловской. Это здание 5 марта 1806 г. сгорело и семинаристы длительное время проводили учебные занятия в тесных флигелях неподалеку.
В 1917 году семинария была закрыта, а с 1930 года в семинарском здании разместился Башкирский сельскохозяйственный институт.
Здание Духовной семинарии – памятник архитектуры XIX в., один из лучших образцов архитектуры классицизма в Уфе. Здание возведено в 1826–1828 гг. по проекту архитекторов Трофимова и Кудинова. В настоящее время в здании размещается Министерство промышленности и инновационной политики Республики Башкортостан.
К началу XX века в семинарии складывается Уфимская церковно-историческая наука. Так, преподаватель Духовнных мужского и женского епархиальных училищ Златоверховников Иван Егорович (1854–1920 гг.), выпускник Уфимской духовной семинарии, в 1899 году издал капитальный труд по истории епархии «Уфимская епархия. Географический, этнографический, административно-исторический и статистический очерк», а впоследствии явился автором учебников «Дроби простые и десятичные в совместном изложении их теорий» (1905 г.), «Первые уроки мироведения», «Курс общей географии». В это же время преподаватель Уфимской семинарии, епархиальный историк Херувимов Константин Петрович публикует актуальную работу «К столетию епископской кафедры и консисториального управления в Уфе епархии Оренбургской и Уфимской».
Священномученик Еварестов Евграф Васильевич (1858-1919 гг.), ректор семинарии, благочинный и настоятель Воскресенского кафедрального собора в Уфе, расширял исследования о. Владимира Владиславлева, переиздав «Сказание о святой чудотворной иконе Божией Матери» в 1895 и 1898 годах.
