По распоряжению Екатерины II в 1766 году в монастыре была учреждена тюрьма для «безумствующих колодников». Она была закрыта в 1905 году под влиянием революционных событий. Основную часть узников составляли нарушители устоев церковного права, рассматривавшиеся Синодом как сектанты.
В 1826 году по Высочайшему указанию в монастыре был заточён предсказатель Авель. Он скончался здесь 29 ноября 1841 года, погребён за алтарём монастырской Никольской церкви.
С 1820 года по 1832 год в монастырской тюрьме содержался лидер секты скопцов Кондратий Селиванов, который здесь и умер. В 1829 году здесь скончался декабрист Фёдор Шаховской. Здесь же с 1869 года отбывал заключение лидер секты прыгунов Максим Рудомёткин, в 1857 году объявивший себя воплощением Святого Духа. В тюрьме Спасо-Евфимиева монастыря он составил 14 пророческих книг, вошедших в священное писание прыгунов «Книга солнца», и скончался в 1877 году. В «Суздальской крепости» в XIX веке содержались старообрядческие священнослужители. Некоторые, как Алимпий, умерли в одиночных камерах, не дождавшись освобождения, другие, как Аркадий, просидевший в одиночной камере 25 лет, Конон и Геннадий, были освобождены в 1881 году. В деле их освобождения значительную роль сыграл Лев Толстой. С 1898 года по 1904 годы в тюрьме содержался старообрядец Фёдор Ковалёв, похоронивший заживо 25 человек в связи с переписью населения 1897 года. С 1894 года по 1902 год в тюрьме содержался архангельский благотворитель Василий Рахов. С 1898 года по 1901 год в тюрьме содержался перешедший в католицизм православный священник Алексей Зерчанинов. В 1900 году четыре месяца в монастырской тюрьме провёл Иван Чуриков, основатель движения чуриковцев.
