В 1784–1789 гг. была построена колокольня с новым братским корпусом. Колокольня была с юго-запада, каменная лестница — с северо-запада. В 1859 г. в отреставрированных древних палатах был открыт музей «Дом бояр Романовых». В 1928–1929 гг. монастырь был закрыт и приспособлен под жилье. В 1960-х гг. монастырские строения были отреставрированы, в соборе был устроен концертно-лекционный зал.
К концу XVIII в. были разобраны лестница и колокольня собора. Новая колокольня была возведена в 1784-89 гг. Колокольня построена на основании бывшей здесь церкви Иакова 1756 г. Нижняя часть колокольни с двумя большими арочными проемами служила парадным входом на территорию монастыря.
Монастырь был закрыт в 1918 г., а музей-дворец бояр Романовых переделали в музей боярского быта. При строительстве гостиницы «Россия» монастырские постройки сохранили. Колокольня и корпус монашеских келий раньше входили в территорию монастыря и располагались с западной стороны ансамбля, затем их отделял от других построек пандус подъезда к гостинице «Россия». После сноса гостиницы ансамбль вновь стал единым.
