Монастырь основан в 1600 г. царем Борисом Годуновым. Первое упоминание в исторических документах относится к 1635 г. Наименование «Заиконоспасский» объясняется его расположением за иконным рядом, находившися вдоль Никольский улицы. С 1665 г. в монастыре была устроена школа, которую возглавлял Симеон Полоцкий. Школа готовила чиновников для правительственных учреждений. В 1685 г. в помещениях обители была открыта Славяно-греко-латинская академия, во главе которой встали известные в русской истории братья Иоанникий и Софроний Лихуды. Из академии вышли многие деятели Церкви, ученые, литераторы. В 1814 г. академия была преобразована в Духовную академию и переведена в Троице-Сергиеву лавру, а в монастыре осталось Духовное училище.
Главный храм монастыря — Спасский собор — построен в 1660 г. по повелению государя Алексея Михайловича кн. Ф.Ф. Волконским. Освящен в 1661 г. 20 ноября. Ныне существующий собор возник на базе этого здания. Точная дата его постройки неизвестна (предположительно датируется 1711-1720 гг.; обходная галерея на колоннах — второй четвертью XVIII века). Принадлежит к памятникам круга И.П. Зарудного (в деталях наблюдается сходство с такими сооружениями, как Меншикова башня и церковь Иоанна Воина на Якиманке). Это ярусный, крестчатый в плане храм типа восьмерик на четверике, в декоре которого главная роль отведена элементам классического пилястрового ордера. В 1737 г. храм был сильно поврежден пожаром, но восстановлен при Елизавете Петровне и освящен в 1742 г.
В 1812 г. весь комплекс монастыря сильно пострадал во время нашествия и бесчинств французской армии. Храм обновлялся в 1851 году. Наверху был расположен придельный храм в честь иконы Божией Матери Всех Скорбящих радость. Эта церковь одновременна главной. Стены ее богато расписаны внутри изображениями событий Ветхого и Нового заветов, позади левого клироса церковная кафедра в виде «столпа», иконы богато украшены. Вход в нижний соборный храм в честь Всемилостивого Спаса идет со стороны монастырского двора. Первое впечатление при входе в храм — его необыкновенная мрачность, почти полное отсутствие дневного света из-за того, что этот низкий храм с трех сторон окружен высокими двухэтажными и трехэтажными монастырскими строениями. Храм поддерживается четырьмя каменными столпами.
В 1920 гг. храм стал центром обновленческого «Союза церковного возрождения», а в 1929 г. был закрыт. В здании храма размещались различные государственные учреждения. В 1960-х гг. здание закрытого собора было отреставрировано. Верхний ярус перестроен — в крыше сделаны люкарны, на 3 и 4 ярусах поставлена декоративная ограда и проч. Вместо креста водружен позолоченный штырь.
Храм возвращен Церкви в 1992 г. Богослужения возобновились в июле 1992 г. Храм имеет статус патриаршего подворья. К храму приписаны колокольни б. Заиконоспасского и б. Никольско-Греческого монастырей (1902 г., арх. Г.А. Кайзер). 5 марта 2010 года Священный Синод постановил открыть Заиконоспасский ставропигиальный мужской монастырь города Москвы, выделив его из Патриаршего подворья бывших Заиконоспасского и Никольского монастырей в Китай-городе города Москвы.
http://drevo-info.ru/articles/515.html
Заиконоспасский монастырь основан в 1600 г. при царе Борисе Годунове. Обыкновенно назывался «Спас на старом месте», «Старый Спас на Песках» или « Спасский монастырь, что за иконным рядом».
По сведениям от 1610, 1626 и 1629 гг., в монастыре было две церкви, каменная и деревянная. Около 1660 г. монастырь пострадал от пожара, и по обещанию князя Ф.Ф. Волконского был выстроен двухэтажный храм, освященный 20 ноября 1661 г.
Около 1701 г. игумен Палладий (Роговский) устроил при втором этаже крытую галерею. При пожаре 1737 г. очень пострадала верхняя церковь. Возобновление сопровождалось некоторою переделкой, вследствие которой вид церкви потерял характер XVII ст. Освящение было 15 июля 1742 г., причем, по желанию императрицы Елизаветы Петровны верхний престол был переименован в честь Всех скорбящих Радости. Нижний храм называется Спаса Нерукотворенного Образа. Последнее значительное обновление, главным образом внутри, относится к 1851 г.
Нынешняя колокольня на месте прежней постройки 1743 г. выстроена в ХХ ст. по проекту архитектора З.И. Иванова; она представляет собою некоторое подражание колокольне Успенской церкви 1696 г. на Покровке. Монастырь называется ставропигиальным, что означает непосредственную зависимость от Св. Синода, такую же как и монастыри Симонов, Новоспасский и Донской.
В историческом отношении Заиконоспасский монастырь важен тем, что в нем с 1686 г. помещалась Академия, в которой слились все прежде бывшие высшие училища: Чудовское, Андреевское, Богоявленское и Типографское. Академия эта до 1700 г. была эллино-славянская, до 1775 г. славяно-латинская, до 1814 г. славяно-греко-латинская. С 1814 г. в Москве нет высшего богословского учебного заведения. Память о проповедях, которые произносили наставники и учащиеся Академии сохранилась в Скорбященской церкви в виде особой кафедры у левого клироса, имеющей вид позолоченного столпа.
«Указатель церквей и часовен Китай-города». Москва, «Русская Печатня», Б. Садовая, д. № 14, 1916 г.