После сноса при строительстве Большого Кремлевского Дворца церковь была перенесена в Боровицкую башню кремля, где была устроена на втором ярусе в 1846-1848 гг. Сама башня построена в 1490-х гг., архитектор П.А. Солари, надстроена в 1680-х гг. Башня венчалась орлом с крестом.
Часовня Иоанна Предтечи была организована в 1847 году в Боровицкой башне Кремля. Через эту часовню проходили в саму церковь Рождества Иоанна Предтечи, которая также была устроена в 1847 году в Боровицкой башне.
Церковь Иоанна Предтечи имела долгую историю. Она считалась первой на Москве. По легенде, она была возведена в XII веке на Боровицком холме, а в 1321 году построена заново при Иване Калите для митрополита Петра. В 1461 году была заменена каменной, но в пожар 1493 года сгорела. В 1508 году зодчий Алевиз построил новую церковь. Она находилась на расстоянии 100 метров от Боровицких ворот. В XVI веке при храме был придел святого Уара — по дню рождения царевича Дмитрия. В 1847 году по указу Николая I храм был разобран (он закрывал вид на новый Большой Кремлевский дворец). Престол Уара был перенесен в придел Архангельского собора, а престол Рождества Предтечи — в Боровицкую башню и освящен 2 мая 1848 года. (По Бартеневу — май 1847 года).
Подняться в церковь, расположенную в Боровицкой башне, можно было через часовню в башне по каменной лестнице. Церковь представляла собой высокое светлое помещение с пятиярусным иконостасом. Крест от придела Уара мученика увенчало крыльцо перед входом в Боровицкую башню. Это крыльцо хорошо видно на фотографиях XIX века. Судя по его архитектурному облику, оно, видимо, было возведено также в середине XIX века для того, чтобы подчеркнуть вход во вновь устроенную церковь и ее часовню.
По Бартеневу «…главка шатра осенена крестом, сделанным по образу креста бывшей церкви Рождества Иоанна Предтечи, помещающейся теперь внутри башни. Подлинный крест с этой сломанной церкви прикреплен на стене выше шатра и накрыт зонтом. На доске, служащей ему фоном, надпись: «сей древний крест церкви Рождества Иоанна Предтечи, построенной в 1461 году, на настоящее место перенесен 1847 года». И далее: «Ниже, рядом с проездом, на белокаменной доске другая надпись: «Повелением Благочестивого Государя Императора Николая I храм Рождества Иоанна Предтечи, построенный при Великом Князе Василии Темном в 1461 году, временем и взрывом 1812 года подверженный разрушению, перенесен в сие здание башни над Предтеченскими по народному преданию Боровицкими воротами и освящен Филаретом Митрополитом Московским мая 1847 года».
27 октября – 3 ноября 1917 года, во время обстрела Кремля, церковь подверглась ружейному обстрелу. Храм был закрыт.
В настоящее время крыльцо с крестом сломано, на его месте новодельная простая дверь.
https://kremlin-architectural-ensemble.kreml.ru/architecture/view/ioanna-predtechi-chasovnya/
