До XV в. место не застраивалось и носило название «Глинищи» из-за глинистой почвы. Освоено в XVI в., когда интенсивно застраивался Китай-город. XVI в. — деревянная церковь вмч. Никиты на Глинищах. XVII в. — в приходе церкви поселяется богатый купец из Ярославля Григорий Никитников. В 1614 г. он пожалован в московские купцы. Так, можно указать две причины, по которым местность в это время называлась «Никитники». В 1628-1634 гг. на средства купца Никитникова на месте сгоревшей деревянной построена каменная церковь. Поставленная на высокий подклет (нижний этаж), церковь была видна издалека. Основной четверик со спаренными колонками и горкой изящных кокошников увенчан пятью главами на высоких барабанах, украшенных колонками и арочным пояском.
Два придела — северный св. Николая и южный вмч. Никиты также украшены горками кокошников. Церковь имеет нарядную шатровую колокольню и шатер над крыльцом. В 1653 г. церковь расширяется. В 1641 г. по документам значится как церковь Троицы на Глинищах. В 1900 г. храм посещает император Николай II и храм обновляется по его указанию. В 1904 г. один из приделов (в подклете) освящен во имя иконы Грузинской Божией матери, поэтому церковь часто называют церковью Грузинской Богородицы. Образ иконы Грузинской Божией Матери (1654 г.) считался чудотворным. Ему приписывали чудо избавления Москвы от моровой язвы в 1654 г. Это был список иконы, которую персидский шах Аббас, завоевавший Грузию в 1622 г., продал русским купцам. Подлинник находится в Красногорском монастыре на Пинеге.
В 1917 г. храм был поврежден во время боев. В 1920 г. храм закрыт. В 1924-1930 гг. в церкви Живоначальной Троицы проводились большие реставрационные работы. В 1934 г. здание храма было передано Государственному Историческому музею. Раскрытие первоначальных росписей производилось в 1935-1940 гг. В 1968 г. музей был открыт для посетителей.
В 1991 г. власти Москвы приняли решение о возвращении храма верующим и возобновлении богослужений, однако храм церкви возвращен не был. В кон. 1990-х гг. возобновлены богослужения в подклете храма. Распоряжение о выселении музея и передачи здания храма приходу было подписано только в декабре 2006 г.
Церковь Живоначальной Троицы и Грузинской Богородицы в Никитниках с приделами святителя Николая, Иоанна Богослова и вмч. Никиты стенами, крышею, кроме что в одном месте стропила обгорели, иконостасами и святыми иконами цела, утварь некоторая ограблена, а некоторая цела. По освящении Николаевского и Богословского приделов производится богослужение. Приходских дворов 3, обгорели.
Священник Николай Матвеев, у него собственный каменный дом обгорел; дьячок Николай Матвеев и пономарь Александр Дмитриев – у причетников церковные каменные палатки обгорели.
Скворцов Н.А. «Материалы для истории церквей Московской епархии в эпоху войны 1812 года». Выпуск 1. Москва, «Русская Печатня». Садово-Триумфальная, 1911 г.
Церковь Грузинской Божией Матери находится в Грузинском переулке, близ Варваринских ворот; иначе называется «Троицы, что в Никитниках». Первоначально построена была деревянная в XVI ст. и называлась «Великомученика Никиты, что на Глинищах».
Нынешняя выстроена на месте прежней в 1628 г. ярославским гостем Григорием Леонтьевичем Никитниковым с главным престолом св. Троицы и с южным приделом св. Никиты.
В 1653 г., по случаю моровой язвы в Москве, в церковь был привезен из Красногорского монастыря Архангельской епархии образ Грузинской Божией Матери, который за 28 лет перед тем был выменян у персов в Грузии братом храмоздателя Степаном Никитниковым. К чудотворной иконе стекалось столь большое число богомольцев, что понадобилось расширить церковь, почему и был выстроен северный придел, освященный во имя Иоанна Богослова.
Некоторое обновление церкви было около 1700 г., когда в трапезной установлены были нынешние оконные решетки, а потом в 1845 г., когда сменены кресты на главах, снята главка с крыльца и разделаны окна главного алтаря. В 1904 г. в подклете устроен престол Грузинской Божией Матери. Храм очень замечателен как по особому изяществу постройки и тщательной отделке во всех частях, так и потому, что старина в нем и снаружи, и внутри сохранилась достаточно хорошо.
Выдвигающиеся на сводах ряды кокошников «в перебежку» составляют оригинальную особенность этой пятиглавой бесстолбной церкви. Крыльцо с шатровым верхом является первым по времени образцом подобного рода церковных входов. Колокольня находится не на оси всего здания, как установилось только со второй половины XVII ст., а у северо-западного угла церкви. Внутри сохранился многоярусный иконостас с образами работы Симона Ушакова. Над верхним ярусом помещены изображения херувимов, как это было и в Успенском соборе до времени царя Алексея Михайловича и как это до сих пор сохранилось в Троицком соборе Сергиевой Лавры. Стенопись середины XVII ст. Замечательны клироса особой формы и каменная резьба на входах в приделы и в главную часть церкви. Придел Никиты Мученика имеет такие же древние иконостасы и стенопись, как главная церковь.
«Указатель церквей и часовен Китай-города». Москва, «Русская Печатня», Б. Садовая, д. № 14, 1916 г.
