Сергей Евгеньевич родился в Москве 26 февраля 1890 года. Его отец — представитель княжеской фамилии Трубецких, мать — урожденная княжна Щербатова. Таким образом в Сергее соединились два знаменитых княжеских рода, служивших на благо России на протяжении многих веков.
С дества Сергей Евгеньевич отличался незаурядными способностями в учёбе и тягой к знаниниям. Окончив с золотой медалью 7-ю Московскую гимназию, он поступил на философское отделение историко-филологического факультета Московского университета.
Не смотря на молодость, на момент начала Первой Мировой войны 24-летний князь успел благополучно избраться депутатом Дворянского собрания Калужской губернии. После начала войны он порывался уйти на фронт в качестве вольноопределяющегося, но не был допущен в действующую армию по состоянию здоровья.
До февральского переворота 1917-го года молодой князь Трубецкой состоял при санитарном эшелоне, он выезжал в прифронтовую полосу и помогал раненным. После свержения императора и развала русской армии Сергей Евгеньевич вернулся в большевистскую Москву, где принял участие в подпольной борьбе с красными.
В 1920-м году Трубецкого арестовали. В московских застенках он был подвергнут пыткам и приговорен к расстрелу, который заменили на 10 лет заключения на особом режиме. Жизнь Сергея Евгеньевича могла оборваться в любой момент, но, благодаря заступничеству учёных, он был переведен на работу в МГУ.
В 1922-м его вновь арестовали. В то время большевики ещё высылали всех неугодных советской власти за границу, и Трубецкого также заставили подписать прошение об отъезде.
Оказавшись в изгнании, князь продолжал бороться за освобождение своей Родины от красной чумы. Трубецкой стал ближайшим соратником генералов Кутепова и Миллера, которые поочередно возглавляли Русский Общевоинский Союз и в конце концов были убиты большевиками.
Сергей Евгеньевич активно занималя публицистикой и оставил после себя мемуары “Минувшее”. Умер 24 октября 1949 года во французском Кламаре.