Первый в Забайкалье Свято-Троицкий Селенгинский мужской монастырь был основан по указу царя Федора Алексеевича членами Даурской духовной миссии 1681 года. Глава миссии игумен Феодосий, иеромонах Макарий и с ними 10 монахов, основав в 1683 году на месте старого монастырского строения, построенного ранее Нерчинскими казаками, обитель, уже в 1684 году возвели первый монастырский храм во имя Святой Живоначальной Троицы. В дальнейшем, по мере развития монастыря, в нем были воздвигнуты храмы святого Архистратига Михаила, Всех Святых, святого Николая Чудотворца.
Главной задачей вновь образованного монастыря была проповедь христианства среди местных народов, а также духовное окормление переселенцев из России. Первое время он был деревянным, имел крепкие защитные стены и представлял собой мощное острожное укрепление. Позже деревянные постройки были заменены каменными.
Административное, культурное и нравственное значение обители для истории края было определяющим. Являясь форпостом России за Байкалом, расположенный на перекрестке всех дорог, идущих с Востока на Запад, и с Севера на Юг, монастырь быстро процветал и был крупнейшей обителью того времени. Его посещали многие выдающиеся религиозные, политические, государственные деятели, например: прадед А.С. Пушкина — А.П. Ганнибал, крестник Петра I, будущий император России цесаревич Николай II Александрович, подаривший обители «сребропозлащенный» напрестольный крест. В Троицком монастыре долгое время проживал величайший духовный светильник Сибири Иннокентий Иркутский Кульчицкий, ожидавший отправления в Китай и имевший здесь своим духовником архимандрита Мисаила, одного из членов Даурской духовной миссии. На территории обители, по преданию, сохранился источник, освященный святителем.
В 1920 году монастырь был закрыт. В советское время здесь вначале располагалась колония, а позже психиатрическая больница. В декабре 2006 года весь комплекс монастырских строений передан Русской Православной Церкви, начато возрождение монастыря.
Монастырь охватывает обширную территорию, обнесенную стенами. Сохранилось три монастырских храма — Троицкий, Михаило-Архангельский, Никольский, а также различные постройки построенные в период хозяйства в обители психиатрической больницы.
Регулярно совершаются богослужения, церковные Таинства, Крестные ходы. Налаживается уклад монашеской жизни.
Братия монастыря совершает миссионерское, социальное и молодежное служение.
