В 1989 году была зарегистрирована церковная община из 111 граждан, проживающих в поселке Варницы. Церкви были переданы приходские храмы Воскресения Словущего и святых Паисия и Уара близ Варницкого монастыря. Насельниками Троице-Сергиевой Лавры они были отремонтированы.
В 1992 году, когда праздновалось 600-летие преставления преподобного Сергия Радонежского, на месте разрушенного Троицкого собора была поставлена деревянная часовня, над древним св. колодцем устроена сень.
В 1995 году по указу Святейшего Патриарха Алексия II и по просьбе архиепископа Ярославского и Ростовского Михея Троице-Сергиевская Лавра взяла Варницкую обитель под свое покровительство. Начались восстановительные работы. Церкви была возвращена часть монастырских помещений.
В 2000 году начал возводиться новый Троицкий собор, по возможности, сходный со снесенным.
В 2001 году отреставрировали Введенский храм, окончены работы по восстановлению ограды с надвратной церковью, служебных и жилых зданий.
К июлю 2003 года в обители были построены Троицкий собор с 4-ярусной колокольней, двухэтажное здание трапезной, три стены с башнями.
В 2002 году в Варницкой слободе начала работу православная гимназия имени Преподобного Сергия. В 2005 году в самом монастыре открыто отделение гимназии с пансионным проживанием для молодых людей, учеников X-XI классов.
29 июля 2003 году состоялась закладка надвратного храма.
В 2014 году Святейший Патриарх Московский и Всея Руси Кирилл освятил собор преподобного Сергия Радонежского — главный храм обители.
