Согласно заключению историков архитектуры, храм был выстроен в конце XIII или в самом начале XIV вв. Местная легенда (записана английским путешественником Дж. Ковелом в 1676 г.) связывала его постройку с чудотворной иконой Богородицы «Всецарица». По легенде, это была одна из четырех особо почитаемых икон, находившихся в Софийском соборе в Константинополе. После падения города икона таинственным образом исчезла, чтобы изежать осквернения и была обретена на южном берегу Мраморного моря, где и был выстроен храм в ее честь.
Здание храма пострадало от землетрясения в 1855 г., был разрушен купол и повреждена колокольня. Впоследствии они были восстановлены.
В 1883 г. предпринимались некоторые строительные и ремонтные работы. В частности, в западной части храма было устроено помещение для женщин.
Церковь была оставлена в 1924 г. в результате греко-турецкого обмена населением. Использовалась как склад. в 1950-е гг. была уничтожена колокольня. Затем здание было заброшено и стало разрушаться.
В 2011 г. постройка была выкуплена митрополитом Константинопольского патриархата Елпидифором Прусским. Однако вследствие противодействия властей возможность восстановления для религиозных целей была заблокирована. Властями рассматривается вопрос восстановления здания для светского использования (музей). Вследствие разногласий сам процесс восстановления так и не начат.
В храме сохранились фрески, часть из которых датируется XIV в., часть — XVIII в.
