Основан в 1533 году преподобным Трифоном Печенгским, на месте, где река Мана, современное название Нама-Йоки, впадает в Печенгу. В 1548 году, после вынужденного ухода Трифона из монастыря, братия самовольно перенесла монастырь ближе к устью Печенги, в место удобное для промысла и торговли.
В декабре 1589 года монастырь подвергся нападению финского отряда, подданных шведского короля. Финны перебили всех находившихся в монастыре, после чего сожгли обитель. После этого монастырь был переведён на территорию Кольского острога, к церкви Благовещенья Пресвятой Богородицы.
После пожара в 1619 году монастырь вновь был перенесён на новое место, за реку Кола. Была построена соборная церковь во имя святых апостолов Петра и Павла. Однако в 1765 году монастырь указом императрицы Екатерины II был упразднён.
Только в 1886 году указом Святейшего Синода монастырь был возобновлён в устье Печенги, на месте гибели печенгских мучеников.
После Октябрьской революции, в конце 1920 года, монастырь был разорён. Эвакуированная во время советско-финской войны в Финляндию монашеская община монастыря вошла в состав Ново-Валаамского братства, а настоятель игумен Паисий Рябов попал в руки советских спецслужб и 12 декабря 1940 года был расстрелян. 30 января 1984 года в возрасте 110 лет скончался последний из печенгских монахов отец Акакий.
Русская православная церковь объявила о возобновлении деятельности монастыря в 1997 году. В монастыре хранятся мощи 116 мучеников, погибших при разорении монастыря в 1589 году. В Мурманске действует монастырское подворье, с 2008 года.
В ноябре 2007 года власти Печенгского района Мурманской области приняли постановление о передаче Трифонов-Печенгскому монастырю исторически принадлежащих ему земель в районе посёлка Луостари, где находилась могила преподобного Трифона Печенгского. Кроме того, там были похоронены мученики Иона и Герман, первыми пострадавшие от меча разбойников при разорении монастыря в XVI веке.
1 декабря 2007 года в монастыре случился пожар. Полностью сгорел Главный храм обители. Решено было восстановить монастырь в том виде, какой он имел в начале XX века на месте его первоначального расположения, в посёлке Луостари, Печенгского района, Мурманской области.
К декабре 2012 года освящен храм в честь Живоначальной Троицы. К этому моменту были заново отстроены практически все здания.
В настоящее время в обители проживает около 10 человек, из них 3 монашествующих.
