Томский мемориальный музей «Следственная тюрьма НКВД» расположен в подвальном помещении здания, в котором с 1923 по 1944 годы находилась внутренняя тюрьма Томского городского отдела ОГПУ-НКВД. Территория, прилегающая к зданию, служила внутренним двором тюрьмы, где в настоящее время расположен Сквер Памяти.В 1992–2011 гг. здесь были установлены памятник жертвам большевистского террора на томской земле, памятные знаки репрессированным калмыкам, полякам, эстонцам и латышам.
Экспонаты мемориального музея «Следственная тюрьма НКВД» предоставляют всем желающим возможность взглянуть на подлинные документы и на копии, связанные с ведением следствия и допросами. Здесь есть вышивки, карты, а также поделки, изготовленные в тюрьмах и в ссылке.
Вообразить, каково было заключенным, можно в коридорах, которые представляют собой реконструкцию. Стоит заглянуть также в камеру для подследственных заключенных, попасть на допрос в кабинет следователя.
В четырех залах музея (бывших камерах) расположены такие разделы постоянной экспозиции, как «Хроника репрессий на Томской земле», «Большой террор», «Расстрельный крест», «Белостокская трагедия», «ЧСИРы», «Их трагические судьбы», «Судьба священника», «Колпашевский яр», «ГУЛАГ и спецпересенцы Нарымского края», «Подземный расстрельный коридор», оформленный скульптурной композицией «Уходящий в небытие», а также персональные стенды с биографическими материалами и документами расстрелянных в Томске.
Первым почетным посетителем музея стал писатель, лауреат нобелевской премии А.И. Солженицын, посетивший Томск в 1994 году во время возвращения на родину из изгнания. Первая выставка открылась для посетителей в 1995 году.
В Мемориальном музее «Следственная тюрьма НКВД» можно найти выставочный зал, в котором проводят временные выставки, просмотры фильмов, встречи с населением. Медиаархив у музея богатый: собрана информация на 200 тысяч человек. У каждого из них своя судьба, но в основном это истории о раскулачивании, депортации и расстрелах, а также ссылках и каторжных работах.
При музее работает библиотека, формируется видео- и фотоархив, коллекция архивных документов и публикаций в периодической печати, позволяющие посетителям музея и исследователям глубже и полнее изучить некоторые трагические периоды российской истории.