Гимназия была основана в 1838 г. с целью создания единого и непрерывного образовательного процесса на территории за Уралом. Целью гимназии была подготовка государственных служащих и учителей школ. Программа обучения включала Закон Божий, русский язык, древние языки (латинский и, до 1901 года, греческий), историю, математику, физику, географию, космографию, логику, французский и немецкий языки, законоведение (которое преподавал член Томского окружного суда) и такой не совсем теперь понятный нам предмет — философскую пропедевтистику. Собственная гимназическая библиотека насчитывала до 15 000 томов и являлась одной из лучших в городе. При гимназии была своя церковь.
Но после Революции 1917 г. и Гражданской войны было принято решение создать на базе гимназии Томске артеллерийское училище в 1920 г. Оно, в 1965 г. было преобразовано в Томское высшее военное командной училище связи.
На данный момент в здании находится ООО «Газпром трансгаз Томск».
