Во второй половине XIX столетия для растущего женского монастыря было уже недостаточно одного храма, и вскоре к югу от Иннокентьевской церкви была построена новая — Успенская. Успенская соборная церковь, каменная, семиглавая, одноэтажная, трехпрестольная, построена 22 октября 1870 года, освящена в честь Успения Божией Матери. Своей архитектурой церковь принадлежит к менее распространённому в Сибири типу четырехстолбных крестово-купольных трехпрестольных храмов. На колокольне имелось восемь колоколов. К церкви примыкало монастырское кладбище. С 1923 года до самого закрытия церковь принадлежала обновленцам.
К 1930 году в Успенской церкви осталось всего три человека. 18 марта 1930 года церковь была закрыта. Окончательно здание церкви было снесено в 1950 году.
http://russian-church.ru/
Церковь Успения Пресвятой Богородицы. Год постройки: 1870, с двумя приделами, во имя Святителя Алексия Митрополита Московского и Святителя Иоанна Архиепископа Новгородского. Левый придел во имя святителя Алексия, митрополита Московского (освящен 20.09. 1870). Правый во имя святителя Иоанна, архиепископа Новгородского (5.09.1871), каменная, семиглавая, одноэтажная. В архитектурном отношении церковь принадлежит к менее распространенному в Сибири типу четырехстолбных крестово-купольных трехпрестольных храмов.
Успенский храм являлся вторым храмом Томского женского Иоанно-Предтеченского монастыря. Построен на средства купца И.А. Еренева и 22 октября 1870 года освящена в честь Успения Божией Матери. В описи церковного имущества за 1925 год упоминаются: «Три иконостаса резные, позолоченные, резные царские врата. Иконы в иконостасах писаны масляными красками на досках. По стенам иконы малого размера, масляные, количеством свыше 60. На клиросах иконы в киотах. На колокольне восемь колоколов». К церкви примыкало монастырское кладбище, одна из сторон которого называлась «Профессорским некрополем». К востоку от монастырского кладбища, за восточной стеной монастыря, находилось Преображенское городское кладбище со сторонами: православной, лютеранской, магометанской и европейской.
В 19120 году монастырь был закрыт. На территории монастыря был помещен детский дом, воспитанники которого неоднократно совершали налеты на храмы. С 1923 года при Успенском соборе была создана религиозная община обновленческой ориентации. В списке членов общины Успенской церкви за 1926 год значится 61 человек, среди них семь девиц возрастом 24-34 года, по-видимому, монахини или послушницы из закрытого женского монастыря. В списках указана Некрасова Анастасия Григорьевна (игуменья), девица.
В 1929 году по причине того, что обновленческая община не смогла содержать Иннокентьевскую церковь, постановлением Сибирского краевого административного отдела от 4 июня храм был закрыт. Здание церкви разобрали на кирпичи в 1950-х годах, место застроено.
Литература: Справочная книга по Томской епархии. Томск, 1914. С. 57. Безруких Олег, протоиерей. Храмы города Томска. Опыт церковного историко-археологического исследования: дисс. на соискание ученой степени кандидата богословия по кафедре церковной археологии Сергиев Посад, Троице-Сергиева Лавра. 2003.
http://memorials.tomsk.ru/memorials/istoriko—arhitekturnyy-kompleks-byvshego-ioanno—predtechenskogo-zhenskogo-monastyrya-144.html.http://старинныехрамы.рф/temples/uspeniya-presvyatoj-bogorodicy-g-tomsk-1870/